La numeración de los certificados tiene la misma mecánica que la liquidación primaria de granos. Teniendo en cuenta que son numeraciones separadas es decir puede existir un certificado número 1 para el punto de emisión 1 y una liquidación primaria número 1 para el punto de emisión número 1. Del mismo modo puede coexistir una liquidación secundaria número 1 para el punto de emisión número 1.