Considerado uma das mais importantes contribuições para a classificação dos FMAs, o artigo de Schussler et al. (2001) agrupa os FMAs, juntamente com o fungo Geosiphon pyriforme (que forma simbiose com Nostoc), no novo Filo Glomeromycota. A classificação apresentada é baseada inteiramente na análise filogenética utilizando caracteres genéticos (sequencia do SSU RNA ribossomal). Nesta classificação, o Filo Glomeromycota foi hipotetizado compartilhar um ancestral comum com Ascomycota e Basidiomycota. Os autores também propuseram quatro novas ordens e novas famílias.
Filo: Glomeromycota
Classe: Glomeromycetes
Ordem: Glomerales
Família: Glomeraceae
Gêneros: Glomus
Ordem: Diversisporales
Família: Gigasporaceae
Gêneros: Gigaspora, Scutellospora
Família: Acaulosporaceae
Gêneros: Acaulospora, Entrophospora
Família: Diversisporaceae
Gêneros: Diversispora
Ordem: Paraglomerales
Família: Paraglomeraceae
Gêneros: Paraglomus
Ordem: Archaeosporales
Família: Archaeosporaceae
Gêneros: Archaeospora
Família: Geosiphonaceae
Gêneros: Geosiphon
Schüßler A, Schwarzott D, Walker C (2001) A new fungal phylum, the Glomeromycota: phylogeny and evolution. Mycol Res 105:1413–1421