A classificação proposta por Morton & Benny (1990) foi baseada na análise cladistica de 57 espécies de FMAs realizada por Morton (1990), que utilizou caracteres fenotípicos dos esporos e da micorriza, juntamente com considerações da ontogenia dos esporos e modo de germinação. Os resultados demonstraram que os FMAs formam um grupo monofilético definido pelo estabelecimento de uma simbiose mutualística com as raízes das plantas e formação de arbúsculos.
Nesta classificação, os FMAs foram mantidos no Filo Zygomycota, mas removidos da ordem Endogonales e transferidos para a nova ordem Glomerales (publicado como Glomales), com 3 famílias e 6 gêneros. Posteriormente, Morton e Redecker (2001) reconheceram duas novas famílias e dois novos gêneros.
Filo: Zygomycota
Classe: Zygomycetes
Ordem: Glomerales
Subordem: Glomineae
Família: Glomeraceae
Gêneros: Glomus, Sclerocystis
Família: Acaulosporaceae
Gêneros: Acaulospora, Entrophospora
Subordem: Gigasporineae
Família: Gigasporaceae
Gêneros: Gigaspora, Scutellospora
Morton JB, Benny GL (1990) Revised classification of arbuscular mycorrhizal fungi (Zygomycetes). A new order, Glomales, two new suborders, Glomineae and Gigasporineae, and two new families, Acaulosporaceae and Gigasporaceae, with an emendation of Glomaceae. Mycotaxon 37:471–491