紅麴菌之分類

紅麴菌是1884年由van Tieghem在西方汙染穀物類及農產品等分離到的菌種而開啟命名，在分類地位屬於子囊菌門(Ascomycota)，子囊菌綱(Ascomycetes)，散囊菌目(Eurotiales)，紅麴菌科(Monascaceae)，紅麴菌屬(Monascus)，一直到1975年由林慶福等人在東方常見的發酵食品中分離而得，特別是從台灣及金門高粱的菌元中分離到共有六個種，在一些發酵食品中分離常見的種名為M. pilosus、 M. purpureus、 M. rubber、M. floridanus、M. pallens及M. sanguineus。種間的差異主要在於形態如孢子囊的分隔、子囊孢子的大小形狀，生理生化特徵如選擇性培養基的生長、是否產生色素等能進行種的區分(Alberto et al., 2004)。

近年利用遺傳特性如LSU(large subunit) rRNA基因D1/D2區域甚至ITS或tubulin基因序列的比對分析發現，M. ruber及M. pilosus無法區分，而與M. sanguineus、M. purpureus這一群較為接近(Houng et al., 2004)。 最近有學者利用隨機擴增多型態態樣RAPD仍然只能將M. ruber及M. pilosus為一群與M. purpureus及M. kaoling為另一群，而過去曾有學者建議M. purpureus及M. kaoling應為同一種，主要是基因型跟型態特徵之表現型的結果一致無法區分，但是M. ruber及M. pilosus 兩個種雖然利用ITS及tubulin與RAPD等基因型都無法區分，但是在型態特徵之表現型卻有差異性，故在鑑定的研究上仍須要解決與釐清(Naoya et al., 2009.)。