以往對於紅麴的研究仍局限於傳統發酵，菌種突變改良，發酵製程改進，然而對於紅麴菌多樣化代謝產物的分析、代謝途徑的探索、生理功能的機制相當有限，對於紅麴菌遺傳背景的研究更付闕如。隨著人類基因體解碼，後基因體世代的來臨，基因體科技及資訊已明顯帶動國際生技產業的發展。有鑑於此，食品工業發展研究所在經濟部科專與行政院科發基金的支持下，建立基因體研發相關技術平台，於2004年完成紅麴菌基因體解碼，是我國第一個獨立完成之真核生物基因體定序，其後續之功能基因體研究亦已積極展開。
國際上對於紅麴菌之研究，從分類、功效到代謝物及其基因研究整理如下