Della vita di San Clemente si sa ben poco (92-101 D.C.). Secondo il più antico elenco dei vescovi di Roma, fu il terzo successore a San Pietro. Della vita e morte di Clemente non si conosce nulla. Gli Atti, apocrifi in lingua greca, del suo martirio furono stampati nel Patres Apostolici. Traiano bandì il papa in Crimea dove, secondo la leggenda miracolistica, avrebbe dissetato 2000 persone. Molte persone di quel paese si convertirono ed edificarono 75 chiese. Traiano, per tutta risposta, ordinò che Clemente fosse gettato in mare con un'ancora di ferro al collo. Dopo questi avvenimenti, ogni anno, il mare recedeva di due miglia, fino a rivelare un sacrario costruito "miracolosamente" che conteneva le ossa del martire e permetteva ai fedeli di recarvisi.

sotterranei della basilica

La basilica venne realizzata nella seconda metà del IV secolo sopra una domus romana del III secolo che sorgeva a sua volta sul perimetro di un edificio precedente racchiuso da forti muri di blocchi di tufo, con cornice di travertino.

Questa antica struttura è costituita da una serie di piccole stanze con volte a botte, in bellissima opera quadrata di tufo. Probabilmente l'edificio faceva parte della Zecca di Roma, che fu trasferita da Domiziano dall'arx capitolina, come documentano alcune iscrizioni di età adrianea rinvenute presso l'edificio. Separata da uno stretto passaggio largo appena 80 centimetri, nella seconda metà del II secolo d.C. alle spalle di questo edificio fu costruita una domus di due piani i cui ambienti conservano ancora parte della decorazione in stucco sulle volte e si affacciavano su un cortile esterno.

Nel III secolo una parte della casa fu trasformata in mitreo, un santuario dedicato al dio Mitra. Vennero chiuse molte aperture, costruito un altare e la nicchia per accogliere il simulacro della divinità. L'ambiente venne ornato da una volta stellata e decorato con pomici al fine di rendere l'ambiente simile ad una grotta, secondo quanto prescritto dal culto.

Nel periodo di maggiore splendore del culto, tra la fine del III e l'inizio del IV secolo, il santuario poteva accogliere un numero rilevante di fedeli, che prendevano posto per il pasto sacro sui banconi laterali dove anche sono evidenti le tracce sulle murature della distruzione volontaria e violenta legata alla trasformazione del santuario in luogo di culto paleocristiano. L'ulteriore trasformazione dell'edificio avvenne alla fine dello stesso secolo: venne realizzata una grande aula di tipo basilicale comunicante con l'esterno tramite una serie di cortili.