ফিল্টার সিস্টেম যেকোনো একুয়ারিয়ামের নিউক্লিয়াস। মানব শরীরে হার্ট যেমন শরীরের দূষিত রক্তকে পরিশোধিত করে, ঠিক তেমনি ফিল্টার- অ্যাকুয়ারিয়ামের পানির সব পদার্থকে পরিশুদ্ধ করে তোলে। ফিল্টার ছাড়া কোন এ্যাকুয়ারিয়ামে মাছ বাঁচানো সম্ভব নয়। ফিল্টার তাই ফিশ-কিপিং এর পূর্বশর্ত