او فوتبال را به‌طور جدی از آکادمی باشگاه پدیده ساری آغاز کرد و نزدیک به ده سال در آنجا آموزش دید. نخستین تجربه‌اش در رده بزرگسالان با تیم پیام صنعت آمل بود، جایی که بین سال‌های ۱۳۹۱ تا ۱۳۹۳ بازی کرد. نمایش درخشان او در این تیم، توجه باشگاه‌های مطرح‌تر را به خود جلب کرد. 

در سال ۱۳۹۳ به تیم ذوب‌آهن اصفهان پیوست و به‌سرعت به یکی از بازیکنان برجسته و تأثیرگذار این باشگاه تبدیل شد. او طی چند فصل حضورش در ذوب‌آهن، بیش از ۱۰۰ بازی به میدان رفت و نقشی کلیدی در موفقیت‌های تیم از جمله قهرمانی در جام حذفی و سوپرجام ایران ایفا کرد. اسماعیلی‌فر به‌ویژه با عملکرد درخشان خود در پست دفاع راست، به شهرت بیشتری دست یافت. 

پس از اتمام خدمت سربازی، در سال ۱۳۹۹ با عقد قراردادی دو ساله به تیم سپاهان اصفهان پیوست. او در این تیم به یکی از بازیکنان کلیدی خط دفاع تبدیل شد و عملکرد درخشانی در رقابت‌های لیگ برتر از خود نشان داد. انتخاب تیم سپاهان تا حدی به دلیل نزدیکی اصفهان به محل سکونت خانواده همسرش صورت گرفت. 

در تابستان ۱۴۰۱، اسماعیلی‌فر با پیوستن به تیم پرسپولیس تهران فصل جدیدی از دوران حرفه‌ای خود را آغاز کرد. او با شماره ۸ در ترکیب تیم ظاهر شد و در خط دفاع، به‌ویژه در بخش هجومی، نمایش‌های قابل‌توجهی ارائه داد. عملکرد درخشانش در پرسپولیس محبوبیت زیادی میان هواداران برای او به ارمغان آورد. 

دانیال اسماعیلی‌فر به‌عنوان مدافعی در سمت راست، از لحاظ توان بدنی، مهارت‌های تکنیکی و دانش تاکتیکی یک بازیکن همه‌جانبه به شمار می‌آید. او در نفوذ از کناره‌ها، ارسال سانترهای دقیق و ایفای نقش در پوشش دفاعی توانایی بالایی از خود نشان می‌دهد. علاوه بر این، سرعت زیاد و قدرت شوت‌زنی او را به عنصری تأثیرگذار در حملات تیم تبدیل کرده است. 

اسماعیلی‌فر در سال ۱۴۰۰ به تیم ملی فوتبال ایران دعوت شد و نخستین بازی ملی خود را مقابل لبنان انجام داد. با اینکه تاکنون فرصت زیادی برای نمایش توانایی‌هایش در تیم ملی نداشته، اما به‌عنوان یکی از گزینه‌های مطمئن در میان مدافعان شناخته می‌شود. تجربه حضور در باشگاه‌های مختلف نیز باعث شده است تا او درک بهتری از تاکتیک‌های تیم ملی پیدا کند.