پس از مدتی به تیم مقاومت تهران ملحق شد و در آنجا پیشرفت قابل توجهی داشت. در سال ۱۳۹۵ به تیم تراکتور تبریز پیوست و با توجه به ممنوعیت باشگاه در جذب بازیکنان خارجی، فرصت بیشتری برای بازی پیدا کرد. او در فصل ۹۷–۱۳۹۶، بیش از ۲۵ بازی رسمی انجام داد و مهارت‌های دفاعی‌اش را در سطح لیگ برتر ایران به‌خوبی نشان داد. 

در سال ۱۳۹۶ به‌صورت قرضی به تیم نساجی مازندران ملحق شد و در لیگ آزادگان با این تیم به میدان رفت. او توانست اولین گل رسمی خود را در سطح بزرگسالان به نام خود ثبت کند. پس از نمایش درخشان در فوتبال ایران، در سال ۱۳۹۷ راهی تیم کورتریک بلژیک شد. هرچند که نتوانست در ترکیب اصلی این تیم جایگاهی پیدا کند، اما حضور در فوتبال اروپا تجربه‌ای ارزشمند و مهم برای این بازیکن جوان به حساب می‌آید.

اما در تابستان ۱۳۹۹، نادری تصمیم گرفت از پرسپولیس جدا شود و به استقلال تهران بپیوندد. این انتقال بازتاب‌های زیادی در میان هواداران فوتبال داشت، چرا که کمتر بازیکنی پیشینه بازی در هر دو تیم پرطرفدار پرسپولیس و استقلال را دارد. او در استقلال نیز توانست عملکرد قابل قبولی از خود نشان دهد و در لیگ قهرمانان آسیا موفق به زدن گل‌های حیاتی مقابل تیم‌های الشرطه و الاهلی شد.

در سال ۱۴۰۰، نادری به عنوان لژیونر به تیم آلتای اسپور ترکیه پیوست. او در طول حضورش در این باشگاه بیش از ۵۰ بازی انجام داد و موفق به زدن ۳ گل نیز شد. تجربه حضور در لیگ ترکیه، نه تنها به افزایش سطح حرفه‌ای و بین‌المللی او کمک کرد، بلکه توانست توانایی‌هایش را در شرایط فیزیکی و تاکتیکی چالش‌برانگیز به نمایش بگذارد. 

از نظر ملی، نادری در سال ۱۳۹۸ به دعوت مارک ویلموتس به تیم ملی ایران پیوست و در دیدار برابر عراق در چارچوب رقابت‌های مقدماتی جام جهانی، نخستین بازی ملی خود را تجربه کرد. هرچند تعداد بازی‌های ملی او محدود بوده، اما همچنان یکی از گزینه‌های مدنظر برای آینده تیم ملی محسوب می‌شود. 

سبک بازی محمد نادری بر پایه قدرت فیزیکی قابل‌توجه، سرعت خوب و دقت در ارسال‌ها شکل گرفته است. او توانایی بازی در هر دو جناح خط دفاعی را دارد و گهگاهی نیز در نقش مدافع میانی به کار گرفته شده است. از ویژگی‌های برجسته او می‌توان به جنگندگی، تمرکز بالا در تکل‌زدن و مشارکت مؤثر در حملات از جناح چپ اشاره کرد.