Í Byrjendalæsi er lögð rík áhersla á markmiðssetningu og skipulag í kennslu. Byrjendalæsiskennarar gera áætlanir út frá gæðatextum, samþætta þær gjarnan öðrum námsgreinum og tengja þær bakgrunnsþekkingu barnanna.
Gerð er vönduð og markviss kennsluáætlun út frá hverri bók sem tekin er fyrir þar sem koma fram þau markmið sem vinna á að. Áhersla er lögð á að markmiðin séu gerð sýnileg í skólastofunni og að þau séu kynnt vel fyrir nemendum.
Gott skipulag er einn af lykilþáttum árangursríkrar kennslu, vönduð kennsluáætlun myndar umgjörð um kennsluna og auðveldar kennurum að vinna að markmiðunum með nemendum. Það er mikilvægt að halda vel utan um alla þætti læsis enda í mörg horn að líta. Áætlunin tekur til almennra markmiða sem á við um flesta nemendur og sértækra markmiða fyrir einstaka nemendur.