Dal 1495 circa, i monaci della Certosa di Pavia, sostenuti da Ludovico il Moro, duca di Milano, si rivolgono per l'allestimento degli altari della chiesa ad artisti forestieri: il piemontese Macrino d'Alba fornisce uno splendido polittico ricco di riferimenti alla Roma antica, al fiorentino Filippino Lippi sono commissionate la pala con il Compianto sul corpo di Cristo morto (mai compiuta) probabilmente per l'altare maggiore, e a Pietro Perugino, allora uno degli artisti più apprezzati d'Italia attivo a Firenze, quattro tavole per il secondo altare di sinistra dedicato a San Michele Arcangelo.
Di queste ultime, dopo varie sollecitazioni, giunsero in Certosa nei primi anni del Cinquecento la Madonna in adorazione del Bambino e angeli, l'Arcangelo Michele, l'Arcangelo Raffaele con Tobiolo (tutti oggi alla National Gallery a Londra) e Dio Padre benedicente (unico elemento rimasto in chiesa e qui esposto); nel 1511 furono aggiunti i due pannelli dell'Annunciazione dei fiorentini Mariotto Albertinelli e Fra Bartolomeo, collocati ai lati di Dio Padre, a completamento del programma iconografico del polittico dedicato ai tre Arcangeli maggiori. La restituzione parziale in mostra del polittico, smembrato alla fine del Settecento, consente di apprezzare il classicismo devoto dei pittori dell'Italia centrale che tanta influenza ha esercitato all'inizio del Cinquecento sugli artisti non solo locali.
Il dipinto, originariamente affiancato dalle due tavole con l'Annunciazione di Mariotto Albertinelli e Fra Bartolomeo (in seguito unite entro un'unica cornice, esposte qui a sinistra), componeva il registro superiore di un polittico costruito, nel registro inferiore, dalla Madonna in adorazione del Bambino, da San Michele Arcangelo e da San Raffade Arcangelo con Tobiolo, ora alla National Gallery di Londra. Queste tre tavole, rimpicciolite, sono oggi sostituite, nella seconda campata a sinistra della chiesa, da copie seicentesche, che ne restituiscono la figurazione originaria.
Il polittico fu commissionato dai certosini nel 1495, ma le tavole di Perugino vennero completate intorno al 1500 o negli anni immediatamente successivi.
L'opera, che ebbe una grande eco a Pavia e nel nord Italia, influenzando gli artisti locali, testimonia gli interessi per la cultura centroitaliana della committenza ducale.
Le due tavole, ora in un'unica cornice, originariamente affiancavano il Dio Padre di Perugino (esposto nella sala).
Sono opera dei pittori toscani Mariotto Albertinelli e Fra Bartolomeo, uniti tra 1508 e 1513 da un patto di chompagnia. Sulla pedana del leggio della Vergine campeggia infatti la firma congiunta dei due artisti, mentre in ciascuna delle due tavole sono presenti i due anelli che si incrociano con una croce rossa al centro, sigla della loro collaborazione.
Insieme alla tavola peruginesca con Dio Padre, questi pannelli sono forieri di una cultura diversa da quella predominante in Certosa fino a quel momento: l'intelaiatura prospettica in cui erano ancora incastonate le figure del Politico degli Evangelisti di Bergognone (visibile nella seconda sala) viene meno a favore di un'ambientazione intima, quasi annullata dal lume serale, in cui le figure s'inseriscono con forme morbide e ritmi pausati.