Exercices sur le traitement et l'analyse d'images

Voici un exercice qui reprend tout ce qu'il faut savoir pour réaliser un TP Images.

Initialiser le TP

1. Si vous n'avez pas de compte Gmail, créez en un, chacun individuellement.

2. Marquez soigneusement dans un livret ou votre agenda votre mot de passe et adresse : ce compte gmail vous servira pendant tout votre DUT pour éditer des fichiers partagés.

3. Sachez vous connecter à l'ENT ! 

Création d'un diaporama partagé

    Désigner chef de binôme, trinôme ou quadrinôme qui se chargera de réaliser un diaporama partager avec les membres de son équipe.

Comme on travail à partir d'un modèle, il va falloir l'ouvrir et en créer une copie !

1. Ouvrir le modèle de fichier TP_imagerie_IUT_Périgueux disponible sur Google Docs - ce modèle est pour les exercices, ce sera un modèle différent le jour du contrôle

2. Sauvegarder ce modèle sous un autre nom (Fichier > Créer une Copie). 

3. Par commodité, on appellera ce document DOC dans l'énoncé mais vous le nommerez selon la norme suivante : N° de groupe, NOM1 et NOM2 du binôme, trinôme ou quadrinôme :

Ex : A1_DUPOND_MARTIN_DOUGLAS

4. Cliquer sur Partager. Assurez-vous que votre document n'est pas public mais partagé seulement avec des personnes spécifiques. 

5. Partager avec l'enseignant (cristina.valencia.sullca1@gmail.com).

6. Partager ensuite (même démarche que précédemment) le fichier avec la/les autre(s) membre de votre binôme (ou trinôme) : inviter leurs adresses gmail.

    Chaque membre d'un binôme, trinôme ou quadrinôme peut alors travailler sur un ordinateur individuel en partenariat pour modifier DOC :

Maîtriser la méthodologie :

1. La méthdologie générale

2. Les connaissances sur le traitement des images

3.  Télécharger le livret d'imagerie qui vous expliquera comment utiliser les logiciels. TELECHARGER.

Insérer une image en filigrane - logiciel à utiliser : Photofiltre

1. Modifier l’image récupérée (micoscope HD) de sorte à créer une image filigrane. Insérer cette nouvelle image sur la première diapositive de DOC en pleine page.

   • Attention : ne pas oublier de mettre la source de l'image d'une page de garde où d'une diapositive sur la tranche de la diapositive.

 cf. Faire un filigrane, c'est jouer sur la luminosité et le contraste ! cf. partie 2.1. du livret explicatif

Insérer une images détourée sans couleur de fond - logiciel à utiliser : Photofiltre

1. Utiliser une méthode de détourage pour retirer l'arrière-plan de l'image haute définition microscope.jpg puis insérer l'image par dessus le filigrane précédent.

 cf. partie 2.3. du livret explicatif

Mesure à l'échelle - logiciel à utiliser : Mesurim

1. Récupérer la photo ci-dessous de cellule de pomme l'objectif X40.

2. Récupérer une photo d'un micromètre (objet dont on connait la taille : chaque petite graduation faisant 10 µm).

3. Étalonner Mesurim avec cette photo de micromètre.

   • Sauvegarder l'échelle "temporairement" en lui donnant un nom afin de l'utiliser pour mesurer la cellule d'oignon.

4. Ouvrir l'image que vous désirez mesurer

   • Charger l'échelle mise en place avec l'image de micromètre.

5. Mesurer la largeur et la longueur de la cellule de pomme 

   • Ajouter aussi une barre d'échelle sur l'image et la sauvegarder en l'état

6. Ajouter l'image dans le diaporama et le résultat.

 cf. partie 3.2 du livret explicatif pour réaliser une mesure  à l'échelle

Objectif pédagogique : savoir utiliser des logiciels pour lire rapidement des gels (préparation aux TPs de 2ème année).  Se familiariser avec l'ENT.

Mettre en forme le gel

Exploiter un gel d’électrophorèse photographié par les étudiants IAB de 2ème année dans la rubrique M32.I.03 - Biochimie (cf. ENT, Moodle, cours en ligne). On rappelle que dans une électrophorèse, les molécules de poids moléculaire élevé sont celles qui migrent le moins loin.

1. Récupérer une photo de gel SDS-PAGE réalisée par d'anciens étudiants.

2. Lire attentivement la légende qui explique comment lire ce gel.

3. Retoucher l'image de gel que vous avez téléchargé avec Photofiltre (contrastes élevés et image en niveau de gris).

   • Ne pas rogner l'image à ce stade afin de conserver la règle nécessaire à la réalisation de l'échelle.

4. Ouvrir l'image retouchée dans Mesurim et utiliser la photo de la règle pour configurer une échelle.

5.  Mesurer la longueur qui sépare la ligne de dépôt (en haut) du front de migration (en bas). Il s’agit de la distance de migration. Indiquer cette valeur dans DOC.

6. Ajouter une échelle sur l'image en bas de la zone du gel que vous désirez conserver. Sauvegarder cette image.

7. Garder Mesurim ouvert ou ouvrir Photofiltre.

8. Dans Photofiltre, ouvrir l'image du gel avec échelle : mettre en forme cette image conformément à ce qui est indiqué dans la légende  :

• 1. Retoucher l'image (contraste et luminosité).

  2. Rogner l'image (supprimer la règle, les zones du gel non intéressantes).

9. Sauvegarder l'image traitée dans Photofiltre et la coller dans DOC. Votre rendu doit ressembler à cet exemple.

10. A partir de DOC dans Google Doc :

• 1. Annoter l'image : identifier chaque marqueur par sa taille (le plus petit marqueur de 14400 Da n’apparaît pas toujours).

  2. Annoter l'image : identifier le titre des colonnes.

  3. Annoter l'image : préciser le sens de migration.

  4. Ajouter sous l'image une légende.

Analyser le gel

1. A partir de Mesurim :  identifier la position de chacun des 7 marqueurs (Tableau disponible dans DOCS) par rapport à la zone de dépôt  selon la procédure du tableau 13 du livret image.

2. Sauvegarder le graphique produit par Mesurim et le retoucher sous Photofiltre :

   1. Le mettre en négatif.

   2. Retoucher contraste et luminosité.

3. Insérer dans votre rapport le graphique et l'annoter de sorte à indiquer le nom de chaque marqueur (cf. tableau ci-dessous), le titre de l'axe des x (distance de migrations (en cm) et celui de l'axe des y (Absorbance (UA)).

4. Votre graphique doit ressembler à cet exemple.

5. Mettre vos résultats des  mesures du gel dans le diaporama sous forme de tableau : réaliser un tableau récapitulatif des masses moléculaires (MM) des marqueurs, des distances de migrations (en cm).

1. A part les images de la page de garde, toutes les images doivent avoir une source.

2. Un titre sous les images ou au-dessus des tableaux n'est pas nécessaire si les diapositives sont suffisamment explicites.

3. Par convention le titre d’une image se met sous l’image et le titre d’un tableau au-dessus.

4. Vérifier que toutes les images ont conservé leurs proportions d’origine.

5. Ne pas oublier de renommer le compte-rendu sous la forme suivante : groupe_nom1_nom2 (exemple si trois étudiants du groupe D1 nommés DUPOND, DUPONT et MARTIN ont fait le compte-rendu, renommer le fichier D1_DUPOND_DUPONT_MARTIN) et de le partager avec l'enseignant