WRF "v3.6" Install 覚書 あとで整理する(2014/10/12)
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## intel fortranでコンパイルのケース ## on CentOS 6.5
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事前準備：
netCDF、openmpiはintel fortranでコンパイルしておく。
特にopenmpiはyumでパッケージインストールできてしまうけれど、
おそらくgfortranでコンパイルされていて上手くいかなかった。
<WRFV3のコンパイル>
Export:
export FC=ifort
export CC=icc
export CXX=icpc
export NETCDF='/usr/local/netcdf3.6.3' (= netCDFをインストールしたディレクトリ)
export
*NetCDFはnetcdf 3.6.3をインストール
いろいろあって再インストールした時は
最初からsuでやらないといけなかった。
> ./configure
17 (dm+sm)
> nohup ./compile em_real 2>&1 | tee compile.log
(30分くらいかかるのでsshで外部からの接続/切断にも対応できるコマンド＋ログを残す)
一回WPSでコンパイル失敗してWRFV3からやり直したら
2回めからは同様の手順でもWRFV3のコンパイルが失敗するように。
./cleanをした際に必要なWRFのライブラリのリンクが消えてしまう？
潔くtarの解凍からやり直したらうまくいくようになった(2014/10/11)
<WPSのコンパイル>
> ./configure
16 (serial)
./compile 2>&1 | tee compile.log
ずーっと上手くいかなかったけれど
WRF_LIB=の行の最後に -openmp をつけたら通った
(参考: https://software.intel.com/en-us/forums/topic/267525 ここと同じエラーが出ていた)
WRFV3のコンパイル時には -openmp をつけなかったけれど、それは良いのか。。
<WRFDAのコンパイル>
READMEの指示通りに
> ./configure wrfda
configure.wrfが作られる。このときは特に編集せずに(-openmpなどは追加せずに)
> ./compile all_wrfvar
でコンパイル終了
ここまででWRFV3.6はコンパイル完了？
<ncviewのコンパイル>
netCDFファイルやwrfの出力結果を見るためのグラフィックソフト。
コンパイル時にX関係のライブラリがないエラーが出た。X11は入っていたので
> yum install libXaw*
をしたら上手くいくように。
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## 実行テスト ##
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<WPSの実行>
http://www.seppyo.org/~sesig/wrf/checkout_wrf_working/working.html
ここと同じことをしようとした。
> ./geogrid.exe
問題なく実行完了
> ./ungrid.exe
Cannot open libpng16.so.16, no such file hogehoge.. といわれる。(環境によるのかも)
コンパイルしなおすなどいろいろしてみたけれど、
同じディレクトリにlibpng16.so.16を持ってきたら動作。どういうこと。。
> met_grid.exe
で出来たファイルを "WRFV3/run/" 以下にコピー
> ./real.exe
> ./wrf.exe (*bashで実行した)
bashで実行したところセグメンテーションフォールト(コアダンプ)！
これはメモリを使える量にリミットがかかっているせいらしい。
unlimitコマンドが使えるcshにする必要があって、
> csh
> unlimit
> wrf.exe
で動作した。
bashでも
> ulimit -s unlimited
で動作可能。
ちなみにcshにしてunlimitせずにwrf.exe実行すると「パイプ破壊」とかいう恐ろしげなエラーメッセージが出る。
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(古)
NetCDF -> WRFV3 -> jasper, libpng, zlib(zlib.h?) -> WPS
の順にインストールした
##
## gfortran
##
Export:
export FC=gfortran
export CC=gcc
export CXX=g++
<WRFV3.6のインストールについて> 2014/10/11
Openmpi -> NetCDF -> WRFV3 -> (jasper, libpng, zlib) -> WPS
の順にインストール・コンパイルした on CentOS6
2014/**/**
WRFVではNetcdfをインストールしたディレクトリをconfigure.wpsをいじって明示
(古)
Jasper, libpng, zlibは
apt-get installでそれぞれ
apt-get install jasper*
apt-get install libpng*
apt-get install zlib1g-dev
libpng*にはlibpng-develなども入れることを意図している
WPSではNetCDFをインストールしたディレクリを入れようとしても入らなかったので
export NETCDF=/home/kouyama/local
とexportであらかじめ入れたらコンパイルが通った