Em 1847 chegou à região de Caratinga, João Caethano do Nascimento e sua família, no ano seguinte, chegam os outros Joões: João José da Silva, João Antônio de Oliveira e João Carlos da Cunha. Todos posseiros de sesmarias junto com João Caethano do Nascimento.

Quando chegaram, sentiram a necessidade de um templo para orações e no dia 23 de junho de 1848, vésperas do dia de seu padroeiro acenderam uma grande fogueira para homenagear São João. Em torno da fogueira, os posseiros decidiram doar uma área de terra para construir então uma capela em devoção a São João Batista.

Ao doar as terras, fixaram no local uma cruz, identificando que ali seria o espaço de orações. Logo em seguida, foi erguida uma simples capela com cobertura de sapé, e aos poucos foi se formando um povoado em volta da capela.

A riqueza do solo caratinguense começou a atrair grande número de moradores para a povoação. Com o passar dos anos, os devotos de São João resolveram construir um templo mais digno e sólido, foi então que em 1873, com estrutura de madeira, paredes de adobe e cobertura de telhas, erguem-se a primeira Igreja de São João Batista, no lugar da primeira.

Ainda em 1873, é criada a Paróquia de São João de Caratinga. Com o passar dos anos e o crescimento da população, a igreja passou a não comportar o número de fiéis, foi então que em 1880, a Mesa Deliberativa decidiu em construir uma igreja mais ampla, que foi erguida no “Largo da Barreira” atual Praça Cesário Alvim.

Após a construção desse templo, a igrejinha deixou de ser matriz e voltou a ser capela. Portanto, historicamente, é a primeira igreja do município, embora tenha passado por uma reconstrução devido à ação do tempo, foi mantida toda a estrutura de madeira e suas características arquitetônicas.

A obra da Igrejinha de São João é atribuída ao padre Maximiniano João da Cruz, 1º pároco de Caratinga. Hoje é um dos raros exemplares da arquitetura do século XIX no município, situada à Rua Major Carlos Teixeira, s/nº. Sua simplicidade nos remete a um passado de dificuldades dos primeiros anos de colonização de Caratinga. Possui apenas uma nave, as paredes são desprovidas de qualquer ornamento e no fundo, o altar-mor em madeira, abriga a imagem primitiva de São João Batista, padroeiro da cidade, esculpida em madeira. Os traços mineiros podem ser observados na singeleza do imóvel com seus balaústres rendilhados do coro. Tombada pelo decreto municipal nº 011/98, preserva suas características originais, não podendo passar por modificações e nem demolição, sendo, portanto, protegida pela Lei Municipal nº 3.038/2008.

Por um longo tempo a Igrejinha teve a função de capela velório, e em 2002, devido aos esforços e trabalho da Prefeitura de Caratinga, o tombamento foi reconhecido pelo IEPHA/MG- Instituto Estadual do Patrimônio Histórico e Artístico de Minas Gerais e nesse mesmo ano, os velórios deixaram de existir na capela, pois sua estrutura não comportava o número grande de pessoas e desde então, o templo passou a abrigar a II Unidade do Museu de São João Batista, com um histórico acervo de arte sacra.

Atualmente recebe visitas diariamente, sendo um ponto de referência da história da cidade portador de muitas memórias.