ทั้งนี้อาเซียนมีความตกลง 2 ฉบับ ที่ใช้เป็นหลักเกณฑ์ในการดำเนินงาน AFTA คือ ความตกลงแม่บท ว่าด้วยการขยายความร่วมมือทางเศรษฐกิจของอาเซียน (Framework Agreement on Enhancing ASEAN Economic Cooperation) ที่ใช้เป็นกรอบการดำเนินการความร่วมมือทางเศรษฐกิจด้านต่าง ๆ และความตกลงว่าด้วยอัตราภาษีพิเศษที่เท่ากัน สำหรับเขตการค้าเสรือาเซียนหรือ เรียกสั้น ๆ ว่า ความตกลง CEPT (Agreement on the Common Effective Preferential Tariff (CEPT) Scheme for the ASEAN Free Trade Area (AFTA)) ที่ใช้เป็นกลไกในการดำเนินงานเขตการค้าเสรีอาเซียน

เป้าหมายของเขตการค้าเสรีอาเซียน ประเทศสมาชิกจะต้องลดภาษีน้ำเข้าระหว่างกันให้เหลือร้อยละ 0.5 ภายใน 15 ปี เริ่มมาตั้งแต่ พ.ศ. 2536 รวมทั้งยกเลิกมาตรการที่ไม่ใช่ภาษีศุลกากร จากเดิม 15 ปี ให้เหลือ 10 ปี ให้เสร็จสิ้นภายใน พ.ศ. 2546 สินค้าที่อยู่ในกลุ่มการดำเนินการลดภาษี ได้แก่ ประเภทสินค้าเร่ง ลดภาษี มี 15 สาขา สินค้ามีกว่า 100 รายการ ที่เร่งลดภาษีในเดือนมกราคม พ.ศ. 2543 ดังเช่น เครื่องใช้ไฟฟ้า เคมีภัณฑ์ ปูนซีเมนต์ ประเภทสินค้าลดภาษีปกติ ลดภาษีลงใน 10 ปี ภายในเดือนมกราคม พ.ศ. 2546 ประเภทสินค้ายกเว้นชั่วคราวจะทยอยนำมาลดภาษีภายใน 5 ปี โดยเริ่มตั้งแต่ พ.ศ. 2539-2546 ทั้งสิ้นค้าอุตสาหกรรม เกษตรกรรม และเกษตรกรรมแปรรูปและไม่แปรรูป ส่วนสินค้าอ่อนไหว ได้แก่ สินค้า เกษตรไม่แปรรูปจะลดภาษีตั้งแต่ พ.ศ. 2544 ยกเว้นข้าวและน้ำตาล ที่จะใช้มาตรการพิเศษโดยเฉพาะ