สำนักเลขาธิการอาเซียน (ASEAN Secretariat) ได้จัดขึ้นตามข้อตกลงที่ลงนามโดยรัฐมนตรีกระทรวงการต่างประเทศอาเซียน ระหว่างการประชุมสุดยอดอาเซียนครั้งที่ 1 ในปี พ.ศ.2519 (ค.ศ.1976) ที่บาหลี ประเทศอินโดนีเซียเพื่อทำหน้าที่ประสานงานและดำเนินงานตามโครงการและกิจกรรมต่างๆ ของสมาคมอาเซียน และเป็นศูนย์กลางในการติดต่อระหว่างสมาคมอาเซียน คณะกรรมการ ตลอดจนสถาบันต่างๆ และรัฐของประเทศสมาชิก

สำนักงานเลขาธิการอาเซียน ตั้งอยู่ที่กรุงจาการ์ตา ประเทศอินโดนีเซีย มีหัวหน้าสำนักงาน เรียกว่า “เลขาธิการอาเซียน” ซึ่งได้รับการแต่งตั้งจากที่ประชุมสุดยอดอาเซียน มีวาระการดำรงตำแหน่ง 5 ปี โดยจะต้องได้รับการคัดเลือกจากคนชาติของรัฐสมาชิกอาเซียนด้วยวิธีการหมุนเวียนตามลำดับตัวอักษรของรัฐสมาชิก เป็นผู้ที่มีความรู้ความสามารถประสบการณ์วิชาชีพ ซื่อสัตย์สุจริต มีหน้าที่อำนวยความสะดวก สอดส่องดูแลความคืบหน้าในการอนุวัติความตกลงและการตัดสินใจของอาเซียน เข้าร่วมประชุมต่างๆ ของที่ประชุมสุดยอดอาเซียน เสนอข้อคิดเห็นของอาเซียนต่อภาคีภายนอกตามแนวนโยบายที่ได้รับความเห็นชอบและตามอำนาจหน้าที่ที่ได้รับมอบหมาย และเสนอรายงานประจำปีต่อที่ประชุมสุดยอดอาเซียนโดยมีรองเลขาธิการอาเซียน 4 คน ซึ่งมีสัญชาติที่แตกต่างกัน โดยพื้นฐานการได้รับการคัดเลือกด้วยวิธีการมีคุณสมบัติเช่นเดียวกับตำแหน่งเลขาธิการอาเซียน เป็นผู้ช่วยในการดำเนินตามนโยบายที่ได้รับมอบหมาย