Ngành này khoảng 1.000 loài (Rave & Johnson,1996), gồm những cơ thể đơn bào chuyển động được bằng roi. Tảo mắt hầu hết không có màng cellulose chỉ có màng nguyên sinh chất, phía dưới màng nguyên sinh chất có màng phim protein.

Phía đầu tế bào thường có một rãnh ngắn và hẹp được gọi là hầu (ampulla) và bể chứa (reservoir) ở bên dưới, thức ăn được chúng lấy thông qua rãnh này. Phần này cũng là nơi gắn vào của roi. Tảo mắt gồm có 2 roi, 1 roi ngắn nằm trong bể chứa và một roi dài. Gốc roi có phần u lồi, góp phần quan trọng trong định hướng ánh sáng. Điểm mắt thành phần gồm carotenoid, cùng với u lồi của roi cảm ứng và định hướng chuyển động.

Tảo mắt có không bào co bóp, có tác dụng hấp thu lượng nước thừa đưa ra bể chứa để thải ra môi trường. Lục lạp hình đĩa, trong mỗi cơ thể thường có nhiều lục lạp. Mỗi lục lạp có hạch tạo bột (Pyrenoid), chúng rất nhạy cảm với chất kháng sinh như Streptomycin. Sắc tố quang hợp của trùng roi gồm Chla, Chlb và carotenoid giống với tảo lục và thực vật bậc cao. Chất dự trữ là paramylon- một dạng polysaccharide của glucose. Đa số các loài trong ngành này sống tự dưỡng, chỉ một số sống dị dưỡng. Trong điều kiện môi trường sống thiếu ánh sáng một thời gian dài lục lạp của tảo mắt có kích thước nhỏ hoặc bị phân hủy nên không thực hiện được chức năng quan hợp do đó những tế bào tự dưỡng có thể dị dưỡng.

Hình thức sinh sản chủ yếu ở Tảo mắt là sinh sản sinh dưỡng bằng phân đôi tế bào. Không gặp hình thức sinh sản hữu tính ở tảo mắt. Một số trường hợp sự phân chia tế bào diễn ra quá nhanh đến nổi lục lạp chưa kịp phân chia kết quả tạo ra những chủng không có màu sắc do đó chúng hoạt động như sinh vật dị dưỡng. 

Tảo mắt phân bố ở thủy vực nước ngọt hoặc nước lợ có nhiều chất hữu cơ. Khi sinh sản nhiều làm cho nước có màu lục gọi là hiện tượng nước nở hoa (water bloom), hoặc có váng đỏ. Một số sống ký sinh trong ruột ếch hay nòng nọc. 

Các loài trong ngành tảo giáp chủ yếu phân bố ở biển, là thành phần quan trọng trong khu hệ thực vật phù du của các đại dương. Tảo giáp gồm tảo có kích thước hiễn vi, đơn bào chuyển động bằng 2 roi, những tảo liên kết thành tập đoàn và dạng sợi ngắn không chuyển động.

Tế bào có rãnh dọc và rãnh ngang. Tảo giáp có hai roi không đều nhau nằm trong hai rãnh. Vách tế bào bằng bằng cellulose tạo thành các mảnh giáp. Mảnh giáp lớn được tạo nên từ các tấm giáp nhỏ hơn, trên lớp vỏ có các lỗ hoặc cấu tạo mắt lưới nhằm tăng diện tích tiếp xúc và trao đổi chất với môi trường. Một số chi không có vỏ giáp (tế bào trần) như Noctiluca. Thể màu của tảo giáp hình bản chứa Chla và Chlc, beta caroten và xanthophin nên tảo giáp thường có màu đỏ, vàng, nâu ít khi có màu lục. Một số tảo giáp không có lục lạp nên chúng có đời sống dị dưỡng. Trên thể màu chứa 1 hoặc vài hạt tạo bột. Sản phẩm quang hợp là dầu, thường nhuốm xantophin nên có màu vàng hay đỏ và tinh bột đặc biệt bắt màu lam với iode. Không bào co rút ở tảo giáp liên kết với miệng tế bào (nơi giao nhau giữa hai rãnh). Gần rãnh dọc có 1 điểm mắt còn đa số loài không có.

Tảo giáp sinh sản sinh dưỡng bằng phân đôi tế bào.Trong sinh sản hữu tính ở tảo giáp, mỗi tế bào sống sinh dưỡng của tảo giáp cũng đóng vai trò như một giao tử, sự kết hợp giữa hai giao tử tạo nên hợp tử lưỡng bội. Hợp tử được giải phóng ra khỏi môi trường hoặc nằm trong vỏ, sau một thời gian nghỉ chúng thực hiện quá trình phân chia giảm phân tạo nên bốn tế bào con, các tế bào con này được giải phóng ra môi trường tiếp tục tổng hợp vỏ mới.

Tảo giáp phân bố ở các thủy vực nược ngọt, nước lợ và nước nặm. Một số sống trong những cơ thể sinh vật ở biển khác. Khi tảo phát triển nhiều làm nước có màu đỏ (thủy triều đỏ - là hiện tượng nước nở hoa - water bloom). 

Về ý nghĩa thực tiễn, Tảo giáp tham gia tích cực vào chu trình vật chất trong các thủy vực. Chúng có thể cho sinh khối lớn và dùng để làm chất dinh dưỡng cho cá và các thủy sinh vật khác. Bên cạnh đó, nhiều loài tảo giáp tiết ra môi trường nhiều loại độc tố ảnh hưởng đến môi trường sinh thái, sinh vật và con người trong đó độc tố PSP (Paralytic Shellfish Poison) thường gây liệt cơ ở động vật và người. 

Tảo silic (khuê tảo) là những tảo có cơ thể đơn bào hay tập đoàn; sống phù du và sống bám; tảo silic có thể sống tự dưỡng và dị dưỡng. Tế bào tảo silic có nhiều hình dạng khác nhau: hình hộp tròn, hình trụ, hình trứng, hình hộp nhọn hai đầu hoặc cong như hình chữ S, que,... có cấu tạo khá đặc biệt.

Vách bằng chất pectin, thấm thêm chất silic, tạo thành vỏ cứng gồm 2 mảnh úp vào nhau như 1 cái hộp. Trên mặt vỏ có những đường vân rất phức tạp do silic thấm không đều tạo nên. Đường vân trên vỏ là một đặc điểm phân loại quan trọng gồm hai kiểu: các vân đối xứng hai bên ở tảo silic lông chim; các vân đối xứng tỏa tròn ở tảo silic trung tâm.  Chất nguyên sinh với một vài thể màu có dạng bản, đĩa hay dạng hạt có màu vàng, vàng nâu, chứa diệp lục a và c, chất diatomin,fucoxanthin, xanthophyll (neofucoxanthin, diadinoxanthin, diatoxanthin) màu vàng do vậy Tảo silic có màu vàng hay vàng lục. Chất dự trữ là chrysolaminaran – một dạng polysaccharid ngoài ra còn có các giọt dầu - “làm phao nổi” cho Tảo, nhiều khi gặp volutine, không có tinh bột.

Tảo silic lông chim có thể chuyển động nhờ dòng chảy của dòng nguyên sinh chất qua rãnh vỏ dọc trục tế bào. Tảo silic trung tâm không có đường rãnh thì không có khả năng chuyển động mà phụ thuộc và dòng nước.

Tảo silic sinh sản sinh dưỡng bằng cách phân đôi tế bào. Mỗi tế bào con nhận 1 mảnh vỏ của tế bào mẹ và tự tạo mảnh vỏ mới bé hơn, lồng vào mảnh vỏ cũ. Khi kích thước đã quá nhỏ, tảo silic phục hồi kích thước ban đầu bằng bào tử sinh trưởng (Autospore). Nội chất tế bào thoát ra khỏi vỏ, lớn lên và hình thành vỏ mới (sinh sản vô tính).

Tảo silic có thể khôi phục kích thước bằng sinh sản hữu tính. Hai cá thể đã qua quá trình phân bào có kích thước nhỏ xích lại gần nhau, nhân của mỗi tế bào phân chia giảm nhiễm thành 4 nhân con: 2 nhân thoái hóa, 2 nhân còn lại hình thành 2 giao tử. Một nhân của mỗi tế bào được vận chuyển qua kết hợp với  nhân còn lại của tế bào kia tạo thành 2 hợp tử. Mỗi hợp tử thoát ra khỏi lớp vỏ, phồng to ra tạo nên 1 tế bào mới bao phủ bằng vỏ mới, có kích thước lớn hơn.

Khi điều kiện môi trường không thuận lợi, tảo silic có thể hình thành bào tử nghỉ (resting spore). Khi điều kiện môi trường thích hợp, chất tế bào và nhân chui ra khỏi bào tử nghỉ và dùng lại vỏ cũ.

Tảo silic có khoảng 11500 loài, phân bố rất rộng: trong nước ngọt, nước lợ và nước mặn, gặp cả trên đất, đá ẩm… Tảo silic nhạy cảm với ánh sáng không giống nhau nên chúng phân bố ở các độ sâu khác nhau có loài sống rất sâu tới hàng trăm mét ở biển, có loài sống trôi nổi ngay ở bề mặt nước.Tảo silic sống trôi nổi phát triển mạnh làm nước có màu vàng nâu hay vàng lục, gây hiện tượng “nước nở hoa”. 

Tảo silic đóng vai trò quan trọng trong hệ sinh thái và đối với con người. Nhiều loài tảo silic được sử dụng trong nuôi trồng thủy sản, dùng để đánh giá chất lượng môi trường nước. Một số tảo silic tiết độc tố ASP (Amnesic Shellfish Poison) tác động lên hệ thần kinh của của động vật và con người. 

Tảo nâu sống ở biển và là thành phần chủ yếu của thực vật ở đáy các đại dương. Ngành Tảo nâu chỉ có dạng cơ thể đa bào. Tản đa bào hình sợi hay hình bản, bám vào đá ở dưới nước nhờ rễ giả, hay sống trôi nổi nhờ các phao chứa khí. Một số loài có tổ chức cao, tản phân hóa dạng cây với “thân” “lá” “rễ” giả, đã có 1 số mô (mô đồng hóa, mô dự trữ, mô cơ, mô dẫn) tuy chưa hoàn thiện. Tản thường có kích thước lớn, có khi dài hàng chục đến hàng trăm mét (như Tảo thảm Macrocystis dài tới 300 mét). Vách tế bào của tảo nâu được cấu tạo nên từ cellulose. Thành tế bào gồm hệ thống sợi cellulose được tăng cường độ cứng bởi muối canxiaginat và dịch nhầy không định hình gồm fucoidin và muối hòa tan của aginat. Tế bào chứa 1 nhân và nhiều thể màu hình đĩa hay hình hạt. Thể màu của tảo nâu gồm  Chla và Chlc, ngoài ra  còn có fucoxantin (màu nâu), carotenoid. Tùy theo tỉ lệ sắc tố mà màu của tản thay đổi từ màu vàng lục đến nâu. Chất dự trữ là các loại đường glucose, manit hay laminarin (Chrysolaminaran -1 loại polisaccarit), đôi khi có các giọt dầu. 

Tảo nâu có thể bắt gặp đầy đủ các hình thức sinh sản như: sinh sản sinh dưỡng; sinh sản vô tính bằng động bào tử; sinh sản hữu tính theo hình thức đẵng giao, dị giao và noãn giao; trinh sản. 

Phần lớn Tảo đỏ sống ở biển, phân bố ở mức nước sâu tới hơn 200m. Tản đa bào hình sợi phân nhánh hay hình bản dẹp, gốc có đĩa bám hay rễ giả, chỉ một số rất ít có dạng đơn bào. Kích thước của tản không lớn (< 0,5m).

Tế bào có vách bằng chất cellulose, phía ngoài có chất geloze hay agar - agar (chất keo nhầy) bao bọc hoặc thấm thêm chất vôi (CaCO3) nên thành tế bào rất cứng rắn. Tế bào có một nhân nằm trong chất nguyên sinh ở sát vách. Thể màu của tảo đỏ có dạng hình sao, hình đĩa, hình hạt, hình que hay hình dải, chứa diệp lục a và d, sắc tố quang hợp phụ là phycoerythrin (màu hồng) và phycoxyanin (màu xanh) giống với thành phần sắc tố của vi khuẩn lam (Cyanobacteria). Nhờ sắc tố quang hợp phụ này khả năng nhận các tia xanh, tia lục, Tảo đỏ có thể sống ở những mức nước khá sâu. Tuỳ theo hàm lượng các chất màu mà cơ thể có màu đỏ tươi, đỏ tía, hồng hay gần như xanh. Đại đa số tế bào Tảo đỏ không có hạch tạo bột, sản phẩm đồng hóa là amylodextrin giống như tinh bột nhưng khi nhuộm với iốt thì cho màu đỏ nhạt chứ không phải màu xanh (gọi là tinh bột Tảo đỏ).

Cũng như các ngành tảo khác, ở tảo đỏ cũng có 3 hình thức sinh sản là sinh sản sinh dưỡng, sinh sản vô tính bằng bào tử và sinh sản hữu tính. Sinh sản sinh dưỡng bằng hình thức khúc tản, các mảnh của tản có khả năng tái sinh thành tản mới. Sinh sản vô tính bằng đơn bào tử (monospore) ở Bangiales, Nemalionales. 

Sinh sản hữu tính ở tảo đỏ theo hình thức noãn giao, không có giai đoạn chuyển động, giao tử đực là tinh tử (spermatium), giao tử cái chứa trong cơ quan sinh sản cái gọi là quả bào (carpogonium). Khác với các nghành tảo khác, ở tảo đỏ sự sinh sản hữu tính có nhiều nét đặc biệt: - Giao tử đực là tinh tử (spermatium). - Giao tử cái (trứng) được chứa trong một cấu trúc rất đặc biệt gọi là quả bào (carpogonium). - Hợp tử sẽ lấy nội chất của các tế bào dinh dưỡng (gọi là các trợ bào), phát triển thành thể bào tử quả. 

Giao tử đực của tảo đỏ là các tinh tử, là khối nguyên sinh chất hình cầu,  không có thành tế bào, không có roi. Chúng được sinh ra từ các túi tinh (Spermatangia),mỗi túi tinh tạo ra một tinh tử nhỏ, trừ bộ Bangiales có túi giao tử đực tạo ra nhiều tinh tử.

Quả bào (carpogonium) có cấu tạo gồm một phần gốc phình to và phần ngọn kéo dài gọi là vòi thụ tinh (trichogyne) – là nơi tinh tử đính vào khi thụ tinh. Thường có hai nhân trong một quả bào, một nhân trong vòi thụ tinh sẽ suy thoái ngay sau khi quả bào trưởng thành, và một nhân trong phần gốc của quả bào thực hiện vai trò như nhân giao tử cái.                         

Quả bào được thụ tinh tạo hợp tử, hợp tử sẽ lấy nội chất của các tế bào sinh dưỡng (các trợ bào) hình thành các sợi sản bào lưỡng bội, tập hợp các sợi sản bào gọi là thể bào tử quả (carposporangia).

Thể bào tử quả khi chín,mỗi sợi sản bàotạo ra một bào tử quả lưỡng bội. Bào tử quả lưỡng bội này sẽ nảy mầm tạo thể tứ bào tử (tetrasporophyte), chứa các túi tứ bào tử (tetrasporangia).

Khi các túi tứ bào tử chín, chất nhầy có sợi tiết ra từ túi chất nhầy hấp thụ nước, căng lên và giúp cho sự giải phóng tứ bào tử ra khỏi túi tứ bào tử. Tứ bào tử nảy mầm tạo thể giao tử mới. 

Dựa vào sự sắp xếp của các tứ bào tử người ta chia ra  4 loại túi tứ bào tử: túi bào tử hình chữ thập, hình tứ diện, có khoang và hình chéo chữ thập. Hình dạng của tứ bào tử cũng là một đặc điểm quan trọng trong phân loại tảo đỏ.

 Tảo lục là ngành lớn và rất đa dạng. Tảo lục có dạng đơn bào, tập đoàn hay đa bào hình sợi đơn, phân nhánh hay hình bản mỏng, có khi có cấu tạo cộng bào (tản hình ống thông trong chứa nhiều nhân). Vách tế bào bằng cellulose, pectin hóa nhày, một số dạng nguyên thủy có tế bào trần (không có vách tế bào). Thành tế bào gồm các sợi cellulose liên kết thành bộ xương (skeleton) nhằm bảo vệ và duy trì hình dạng ổn định cho tế bào. Một số tảo có mannan hay xylan thay thế cho cellulose.

Thể màu có nhiều hình dạng khác nhau: hình bản, dạng hạt, hình chén,… chứa Chla và Chlb, carotin, xantophin, trong đó diệp lục a và b chiếm ưu thế so với các sắc tố phụ khác nên tản luôn có màu lục. Chất dự trữ là tinh bột tập trung quanh hạch tạo bột nằm trong thể màu, đôi khi chất dự trữ là những giọt dầu.

Một số Tảo lục đơn bào hay tập đoàn có thể di động được ở trạng thái dinh dưỡng nhờ có roi, còn các tảo lục khác chỉ có bào tử hay giao tử có roi di động được. 

Sinh sản ở tảo lục rất đa dạng gồm sinh sản sinh dưỡng sinh sản vô tính bằng động bào tử có 2 roi bằng nhau hay bào tử bất động, sinh sản hữu tính bằng cả 3 hình thức: đẳng giao, dị giao và noãn giao.

Trong sinh sản sinh dưỡng cơ thể mới được hình thànhtừ những phần riêng rẽ của cơ thể thường không chuyên hóa về chức năng sinh sản. Ở các tảo đơn bào sinh sản sinh dưỡng bằng cách phân đôi tế bào, ở các tảo tập đoàn thì tách ra các tập đoàn nhỏ hay hình thành tập đoàn mới bên trong tập đoàn mẹ. Các tảo dạng sợi hay dạng ống sinh sản sinh dưỡng bằng cách phát triển từ một đoạn tản được tách rời khỏi tản cũ. Một số tảo có cơ quan chuyên hóa của sinh sản sinh dưỡng như hình thành chồi ở tảo Vòng (Chara).

Sinh sản vô tính hình thành các bào tử chuyên hóa, có roi hoặc không roi. Các bào tử được hình thành trong túi bào tử. Bào tử sau đó nảy mầm thành tản mới hoặc hợp tử phân chia giảm nhiễm tạo các bào tử đơn bội.

Sinh sản hữu tính là kết hợp của các tế bào chuyên hóa gọi là giao tử. Tùy mức độ giống nhau hoặc khác nhau của các giao tử mà phân biệt 3 hình thức sinh sản hữu tính: đẳng giao, dị giao hay noãn giao. Hợp tử được hình thành sau khi kết hợp của hai giao tử hay thụ tinh sẽ nảy mầm trực tiếp thành tản mới hoặc qua giai đoạn nghỉ khi gặp điều kiện bất lợi: tích lũy dinh dưỡng hình thành bào tử noãn đến khi gặp điều kiện thuận lợi thì nẩy mầm tạo thành tản mới.

Ở một số tảo chưa tiến hóa quá trình sinh sản hữu tính tiến hành bằng sự kết hợp toàn vẹn của cả cơ thể gọi là sự toàn giao (hologamy). Trong một số trường hợp giao tử không phối hợp để hình thành hợp tử mà thông qua trinh sản để tạo thành một cây mới giống mẹ. Sự xen kẽ thế hệ ở tảo có thể là đồng hình hoặc dị hình.

Tảo lục có khoảng 8.000 loài, phân bố rộng rãi khắp mọi nơi có ánh sáng, chủ yếu sống trong nước ngọt, một số trong nước mặn, trên đất ẩm, có khi trên thân cây hoặc bờ tường, vách đá ẩm; còn gặp những dạng kí sinh và cộng sinh. 

Ngành gồm những tảo đơn bào hoặc đa bào, thể màu có nhiều dạng: bản, sao, xoắn,…Sinh sản hữu tính bằng tiếp hợp. Ngành tảo tiếp hợp trước đây được xếp thành một lớp trong ngành tảo lục, hiện nay vẫn nhiểu nhà hệ thống học theo quan điểm này trong khi nhiều tác giả tách nó thành một ngành riêng do: - trong đời sống không có giai đoạn có roi và chuyển động; - không hình thành giao tử trong quá trình sinh sản hữu tính mà sinh sản theo hình thức tiệp hợp; - thể màu phức tạp, thường có dạng dãi, hình sao phân bố khắp tế bào. Nhân của tảo tiếp hợp thường nằm giữa tế bào. Sắc tố của chúng cũng giống như tảo lục và thực vật bậc cao. Đại diện là Spyrogyra. 

Spirogyra có cơ thể đa bào dạng sợi không phân nhánh sống trong thủy vực nước ngọt. Vách tế bào bằng cellulose được bao bọc bởi một lớp chất nhày bên ngoài làm cho tảo có tính chất nhớt. Thể màu dạng xoắn, rải rác với các hạt tạo bột. Các tế bào trên sợi đều có chức năng giống như nhau. Tảo sinh sản vô tính bằng khúc tản, sinh sản hữu tính theo hình thức tiếp hợp. 

Tảo dạng đơn bào có 2 roi bằng hoặc không bằng nhau. Một số loài hình thành dạng tập đoàn. Tế bào có phần phụ gọi là Haptonema. Đây là cơ quan giúp tảo bám vào giá thể hoặc giúp bắt thức ăn theo kiểu thực bào. Cấu trúc của Haptonema khác với cấu trúc roi. Trên bề mặt tế bào có bao phủ lớp vảy bằng chất hữu cơ, cellulose chỉ có ở Pleurochrysis. Sự ngưng đọng canxi cũng có thể có trên bề mặt vảy. Vách tế bào có thể rất dày là kết quả của quá trình chồng chất. Trong thể màu của tảo thuộc ngành Haptophyta chứa Chla, Chlc và sắc tố quang hợp phụ như fucoxanthin, diadinoxanthin, diatoxanthin, carotenoid. Sắc tố làm cho màu của tảo có màu vàng xanh. Chất dự trữ: chrysolaminaran. Sinh sản: vô tính bằng động bào tử và sinh sản hữu tính theo hình thức đẵng giao. 

Cơ thể đơn bào,tế bào của Cryptophyta được bao phủ bởi một màng bao protein , bên ngoài có cấu trúc tinh thể. Tế bào Cryptophyta thường không có điểm mắt. Ở những đại diện có điểm mắt thì điểm mắt bao gồm tiểu thể lipid phía bên trong mạng lục lạp. Tế bào chuyển động mang 2 roi có chiều dài khác nhau, trên roi có lông. Lục lạp được bao bọc bởi 4 màng, trong đó 2 màng ngoài là mạng lưới nội chất có liên kết với màng nhân. Giữa màng nhân và 2 màng trong của lục lạp có cấu trúc nucleomorph được cho là vết tích của nhân thoái hóa trong hiện tượng nội cộng sinh. Sắc tố quang hợp chính là Chla, Chlc; sắc tố quang hợp phụ gồm phycocyanin, phycoerythrin, carotenoid, xanthophyll. Chất dự trữ là tinh bột. Hầu hết các tế bào của ngành Cryptophyta sinh sản vô tính bằng cách phân đôi, sinh sản hữu tính đẳng giao.

Chất dự trữ là tinh bột. Một đặc trưng chỉ có duy nhất ở tảo Cryptophyta là chất dự trữ được tích lũy không ở lục lạp cũng không ở tế bào chất mà ở periplastidial. Tinh bột là α-1,4-glucan tạo thành khoảng 30% amylose và amylopectin. Tinh bột Cryptophycean tương tự tinh bột khoai tây và tinh bột được tìm thấy trong tảo xanh và tảo giáp có hai roi (dinoflagellates). 

Tảo Cryptophyta có một cơ quan đặc biệt là nucleomorph hiện diện trong khoảng trống giữa lục lạp và màng lưới nội sinh chất lục lạp, thường nằm ở phần lõm trên bề mặt của hạt tạo tinh bột. Nucleomorph có một màng kép bao quanh và chứa cả ADN và cấu trúc giống nhân. Nucleomorph chứa acid nucleid mã hóa những rARN . Nucleomorph được bao quanh bởi một màng có những lỗ tương tự ở trong màng nhân. Nucleomorph phân chia trong kỳ đầu sớm của nhân chính nhưng trước khi phân chia lục lạp và màng lưới nội sinh chất lục lạp. Chỉ một loài thiếu nucleomorph là Goniomonas, không màu và thiếu lạp thể. Một tảo không màu thứ hai, Chilomonas là dạng biến đổi của quang hợp cryptophyte chứa một hạt không màu (vô sắc lạp) và một nucleomorph. 

Ngành tảo vàng có hình thái rất đa dạng, cơ thể dạng amip, monad sống đơn độc hay liên kết thành tập đoàn. Một số loài đa bào dạng sợi đơn giản hay phân nhánh, dạng dạng ống nhiều nhân do sự phân chia không hình thành vách ngăn. Vách tế bào bằng celluose hoặc tế bào trần. Tế bào chứa các sắc tố Chla, Chlc, các sắc tố nhóm carotenoid, xanthophyll (diadinoxanthin, diatoxanthin, heteroxanthin, vaucheriaxanthin) tuy nhiên khác với tảo silic (ta và tảo vàng ánh (Chrysophyta), tảo nâu (Phaeophyta) chúng không có fucoxanthin. Do sự hiện diện các sắc tố trên nên chúng có màu vàng xanh. Chất dự trữ ở tảo vàng là Chrysolaminaran. Sinh sản sinh dưỡng bằng cách phân đôi tế bào hoặc một phần của tập đoàn. Sinh sản vô tính bằng động bào tử. Sinh sản hữu tính hoặc trinh sản rất ít gặp. Phần lớn phân bố ở nước ngọt, rất ít phân bố ở biển. 

Hình thái rất đa dạng: amip, monad, coccoid, sống đơn bào hay liên kết thành tập đoàn dạng palmella, dạng sợi hay dạng cây. Dạng chuyển động thường có 2 roi không đều nhau. Chỉ số ít có cơ thể trần, hầu hết có vách tế bào rất đa dạng về cấu trúc. Vách tế bào bằng cellulose và pectin không thấm silic hoặc có thấm silic, một số chi vách thấm canxi. Sắc tố : Chla, Chlc các sắc tố nhóm carotenoid, xanthophyll. Do thành phần sắc tố, chúng có màu vàng kim, vàng xanh, nâu xanh. Chất dự trữ là chrysolaminaran. Sinh sản : sinh sản sinh dưỡng bằng cách phân chia tế bào hoặc sinh sản bằng động bào tử có 1 đến 2 roi. Sinh sản hữu tính chỉ thấy ở một số loài theo hình thức đẳng giao. Hợp tử hình thành có dạng túi, vách túi nhiễm silic cứng và chắc chắn giúp chúng vượt qua điều kiện bất lợi. Phân bố chủ yếu ở nước ngọt. 

Nhiều nhà hệ thống học xếp các đại diện trong ngành tảo Eustigmatophyta thành một lớp Eustigmatophyceae trong ngành tảo vàng Xanthophyta. Quan điểm này hiện nay vẫn được sử dụng rộng rãi. Với những phát hiện về cấu trúc siêu hiển vi của các đại diện trong ngành Eustigmatophyta có những đặc điểm đặc biệt về điểm mắt và cấu trúc tế bào nên một số nhà hệ thống học đã tách chúng thánh một ngành riêng. Eustigmatophyta gồm các đại diện sống ở nước ngọt.

Thành phần sắc tố của các đại diện trong ngành này giống với đặc điểm đặc trưng của ngành tảo Vàng (Xanthophyta) gồm Chla, Chlc; sắc tố quang hợp phụ gồm beta-carotene, Violaxanthin, epoxanthin, diadinoxanthin và diatoxanthins cũng có thể có mặt. Vì vậy, màu sắc của chúng có màu vàng lục giống như màu sắc của tảo vàng. Chất dự trữ là Chrysolaminaran, chất dự trữ được hình thành phía ngoài lục lạp. Lục lạp có hạch tạo bột.

Mặc dù thành phần sắc tố và chất dự trữ giống với ngành tảo Vàng tuy nhiên cấu trúc động bào tử của chúng có những nét khác nhau đặc trưng. Các đại diện trong ngành Eustigmatophyta chỉ có một roi với lông trên roi là mastigoneme, gốc roi có mấu lồi (là nơi phối hợp cùng với điểm mắt để định hướng ánh sáng của tảo), điểm mắt là các giọt caroten nằm ngoài lục lạp và không có màng bao; trong khi đó ở tảo Vàng không có mấu lồi ở gốc roi này.

Ở một số đại diện của Eustigmatophyta thành tế bào có thể thấm thêm silic. Động bào tử ngành Eustigmatophyta chỉ có một lục lạp nằm giữa tế bào hoặc cuối tế bào, kích thước lục lạp chiếm khoảng 2/3 tế bào. Lục lạp được bao bọc bởi mạng lưới nội sinh chất lục lạp nhưng mạng lưới nội chất này không liên kết với màng nhân. Chúng sinh sản bằng phân đôi tế bào, sinh sản hữu tính vẫn chưa được phát hiện.