Giới Prokaryotae gồm sinh vật nhân sơ (nhân chưa có màng nhân bao bọc), đơn bào hoặc đa bào, kích thước nhỏ (0,5 - 5 µm so với 10 - 100 µm của tế bào nhân chuẩn). Một trường hợp ngoại lệ cần ghi nhận là tế bào nhân sơ khổng lồ (Thiomarganita namibiensis) có đường kính 750 µm và có thể nhìn thấy bằng mắt thường. Nhiễm sắc thể của chúng có dạng vòng trần (ADN không liên kết với protein Histon), chưa có các bào quan như: ti thể, lục lạp, golgi, trung thể, mạng lưới nội sinh chất,... Phân bào trực phân và chưa có hiện tượng sinh sản hữu tính. Ribosome có cấu tạo từ rRNA16S và rRNA28S.
Hóa thạch lâu đời nhất của sinh vật nhân sơ được phát hiện có tuổi khoảng 3,9 – 3,5 tỷ năm. Bằng chứng này cho thấy chúng xuất hiện trước sinh vật nhân chuẩn đầu tiên khoảng 1,7 tỷ năm. Sinh vật nhân sơ phân bố khắp bề mặt trái đất. Đặc biệt trong nhóm sinh vật nhân sơ, vi khuẩn cổ có thể phân bố những nơi có điều kiện môi trường rất khắc nghiệt. C. Smith (2010), cho rằng Vi khuẩn cổ xuật hiện cách đây khoảng 0,8 tỷ năm và chúng cùng với các sinh vật nhân thật phân ly từ Vi khuẩn (xuất hiện cách đây khoảng 3,5 tỷ năm).
Theo hệ thống 5 giới của Margulis và Whittaker (1978), giới Khởi sinh được chia thành hai phân giới gồm phân giới Vi khuẩn cổ (Archaebacterionta - Archaea)và phân giới Vi khuẩn thật (Eubacteriobionta - Eubacteria). Trong phân giới Vi khuẩn thật chỉ có một ngành là ngành Vi khuẩn thật (Eubacteriophyta)gồm 3 lớp: Lớp Vi khuẩn thật (Eubacteriae), Lớp Vi khuẩn lam (Cyanobacteriae), Lớp Prochlorobacteriae. Phân giới Vi khuẩn cổ gồm một ngành Archaebacteriophyta.
Lynn Margulis và Michael J. Chapman (2009), chia giới khởi sinh – giới Vi khuẩn (Bactreria) thành hai phân giới Vi khuẩn cổ Archaebacteria (gồm 2 ngành) và phân giới Vi khuẩn Eubacteria (gồm 12 ngành).