Hiện nay, giới Nguyên sinh được nhiều nhà hệ thống học bàn luận nhiều nhất về vấn đề có tách thành một giới riêng. Whittaker (1969), trong hệ thống phân chia sinh giới thành 5 giới đã xếp các sinh vật nhân chuẩn có cấu trúc đơn bào vào giới Nguyên sinh (Protista). Đến năm 1978, Whittaker và Margulis lại thêm các sinh vật đa bào có cấu trúc đơn giản, chưa có sự phân hóa mô và giới Nguyên sinh và gọi tên là Protoctista. Tuy vậy, Tahktajan lại không thừa nhận giới Nguyên sinh của Whittaker và Margulis, ông tách các sinh vật nhân chuẩn này, tùy vào từng đặc điểm của nó để xếp vào giới Thực vật, Động vật và Nấm. Woese (1990, 2000) cũng không thừa nhận giới Nguyên sinh vì các taxon trong giới này có nguồn gốc đa phát sinh và xếp chúng cùng với các sinh vật nhân chuẩn khác vào trên giới sinh vật nhân chuẩn (Eukarya). Tuy vậy, Margulis và Chapman (2009) vẫn xếp các sinh vật có cấu trúc đơn giản vào giới Nguyên sinh.

Giới nguyên sinh bao gồm những sinh vật đơn bào, tập đoàn hoặc đa bào có cấu trúc đơn giản có nhân thật. Chúng đa dạng về hình thái và phương thức dinh dưỡng, những tế bào giống thực vật có thể chuyển động, những sinh vật phân hủy giống nấm lấy năm lượng từ các hợp chất hữu cơ và những tế bào giống động vật sống dị dưỡng, một số không thể chuyển động, không có vách cellulose. 

Margulis và Chapman (2009), chia giới Nguyên sinh thành 7 phân giới khác nhau, trong đó phân giới Thực vật nguyên sinh (Whittaker và Margulis, 1978) được xếp vào 4 phân giới. Hệ thống phân chia Giới nguyên sinh của Margulis và Chapman (2009) gồm 7 phân giới sau: Amitochondria, Amoebamorpha, Alveolata, Heterokonta, Isokonta, Akonta, Opisthokonta. Trong chương này, chúng tôi chỉ đề cập đến nhóm tảo – sinh vật nguyên sinh tự dưỡng theo hình thức quang hợp gồm 12 ngành được xếp vào 4 phân giới.