Le difficoltà delle api, legate ai cambiamenti ambientali, preoccupano esperti e apicoltori. La loro sopravvivenza dipende dallo stato di salute dell'ambiente, che sta cambiando a causa di fattori naturali e umani. L'urbanizzazione riduce gli habitat ricchi di fiori e nettare, mentre la vegetazione che rimane non fornisce più cibo per le api. Cambiamenti rapidi, come il passaggio dal girasole alla soia, sono particolarmente dannosi per loro, mentre in natura i cambiamenti avvengono più lentamente e sono meno dannosi.

Negli ultimi anni, le specie aliene, come insetti e piante, stanno proliferando negli ambienti agricoli e naturali, influenzando gli allevamenti di api. Le api dipendono dalle piante per il nettare, e specie come l'acacia e l'ailanto, che producono molto nettare, possono avere effetti sia positivi che negativi sulla produzione di miele. L'acacia è invasiva in alcune aree, mentre l'ailanto si sta espandendo in zone marginali. Anche insetti alieni, come la metcalfa, hanno alterato gli equilibri ambientali, ma l'introduzione di parassiti naturali ha contribuito a ristabilire l'equilibrio.

L'agricoltura industrializzata sta riducendo la presenza di api selvatiche, fondamentali per l'impollinazione delle coltivazioni di frutta. Mentre nelle aziende biologiche le api selvatiche sono sufficienti, nelle aziende convenzionali, dove si usano insetticidi, non ce ne sono abbastanza. Questo impoverimento della fauna di insetti porta a una maggiore dipendenza dalle api domestiche, che però sono in calo negli Stati Uniti dal 1950.

Alcune problematiche che riguardano una certa specie possono ripercuotersi, con un effetto a catena anche sulle api. Un esempio è l'Albizia julibrissin. Questa specie ornamentale, introdotta in molte città grazie alla sua bellezza, è stata danneggiata dagli psillidi, che hanno causato perdite di linfa e melata. Ciò ha costretto i giardinieri ad usare insetticidi, danneggiando anche le api.