Azərbaycan Respublikasının Silahlı Qüvvələri üçün ali hərbi təhsilli komandir və qəragah zabitlərinin, hərbi-elmi işçilərin hazırlanmasını, onların ixtisasının artırılmasını, hərbi iş sahəsində elmi tətqiqatların aparılmasını və dövlət orqanlarında çalışan yüksək vəzifəli şəxslərə respublikanın müdafiəsi ilə əlaqədar hərbi-strateji, hərbi-iqtisadi və hərbi-siyasi məsələlərin öyrədilməsini təmin etmək məqsədi ilə Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 20 fevral 1999-cu il tarixli fərmanı ilə Azərbaycan Respublikası Silahlı Qüvvələrinin Hərbi Akademiyası yaradılmışdır.
Hərbi Akademiyada iki il müddətində təhsil alan dinləyicilər taktiki və operativ səviyyədəki birlik və qərargahlarda komandir və qərargah zabitləri vəzifələrində çalışmaq üçün hazırlanırlar.
Hərbi Akademiyada təşkil olunmuş tədris prosesi hərbi-strateji, operativ-taktiki, eləcə də hərbi-siyasi və hərbi-iqtisadi məsələlərin öyrənilməsini təmin edir.
Azərbaycan və Türkiyə Silahlı Qüvvələri arasında 2000-ci il aprelin 5-də imzalanmış protokola uyğun olaraq Azərbaycan Respublikasının Müdafiə nazirinin 2001-ci il 20 fevral tarixli əmrinə əsasən, NATO təlim sisteminin Azərbaycan Silahlı Qüvvələrində tətbiqi ilə əlaqədar 2001-ci il martın 26-dan Zabit Təkmilləşdirmə və Gizir Hazırlığı kursları və Ehtiyat Zabit Hazırlığı Kursları bazasında Silahlı Qüvvələrin Təlim və Tədris Mərkəzi (TTM) fəaliyyətə başlayıb.
TTM Silahlı Qüvvələr üçün tələb olunan istiqamətlər və ixtisaslar üzrə kadr hazırlığını həyata keçirən və hərbi-elmi işlərin aparılmasını təmin edən əlavə təhsil müəssisəsidir. Əlavə təhsil kadr potensialının təkmilləşdirilməsini, hərbi qulluqçuların daim dəyişən və yenilənən xidmət şəraitinə uyğunlaşmasını təmin edir.
Diviziya komandiri C.Naxçıvanski adına Hərbi Lisey cənab Heydər Əliyevin təşəbbüsü ilə 1971-ci ildə Bakı şəhərindəki 2 saylı 8 illik internat məktəbinin bazasında yaradılmışdır. 24 noyabr 1997-ci il tarixdə Azərbaycan Respublikası Prezidentinin sərəncamı ilə məktəbin adı dəyişdirilərək C. Naxçıvanski adına Hərbi Lisey adlandırılmışdır.
Respublikamız müstəqillik əldə etdikdən sonra hərbi liseyin məzunları ordumuzun yaranmasında, vətənimizin ərazi bütövlüyünün qorunması uğrunda mübarizədə həmişə ön cəbhədə olmuşlar. Liseyin məzunlarından 100 nəfərdən çoxu göstərdikləri şücaətə görə orden və medallarla təltif olunmuş, 8 nəfəri isə Azərbaycan Respublikasının Milli Qəhrəmanı fəxri adına layiq görülmüşdür.
Azərbaycan Respublikası prezidentinin 13.03.1998-ci il tarixli Sərəncamı və müdafiə nazirinin 09.04.1998-ci il tarixli əmri ilə 1998-ci ildə Naxçıvan Muxtar Respublikasında C.Naxçıvanski adına hərbi liseyin Naxçıvan filialı açılmışdır. Azərbaycan Respublikası prezidentinin 27 fevral 2004-cü il tarixli sərəncamı ilə C.Naxçıvanski adına hərbi liseyin Naxçıvan filialı ləğv edilmiş və onun əsasında Heydər Əliyev adına Hərbi Lisey yaradılmışdır.
Azərbaycan Respublikası Silahlı Qüvvələrinin peşəkar hərbi tibb zabitlərinə ehtiyacını ödəmək üçün Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 25.05.2000-ci il tarixli «Azərbaycan Respublikasının Silahlı Qüvvələri üçün ehtiyat zabit kadrlarının hazırlanması işinin təkmilləşdirilməsi haqqında» sərəncamının tələblərinə müvafiq olaraq Azərbaycan Tibb Universitetinin nəzdində Hərbi tibb fakültəsi yaradılmışdır. Fakültədə təhsil müddəti 2 ildir. Bu fakultəyə 2000-ci ilin avqust ayından Tibb Universitetinin müalicə-profilaktika, pediatriya və stomatologiya fakültələrinin 4-cü kursunu bitirmiş oğlan tələbələr seçmə yolu ilə qəbul edilirlər.
1994-cü ilin avqust ayına kimi fəaliyyət göstərən hərbi feldşer hazırlığı fakultəsi müdafiə nazirinin əmrinə əsasən orta hərbi tibb məktəbinə çevrilmişdir.
Tədris prosesini təkmilləşdirmək və Azərbaycan Tibb Universitetinin maddi-texniki bazasının və professor-müəllim heyətinin potensialından istifadə etmək məqsədi ilə 2000-ci ilin dekabr ayından orta hərbi tibb məktəbi Hərbi Tibb fakultəsinin tərkibinə daxil edilmişdir.
Orta hərbi tibb məktəbində 2 il müddətində hərbi feldşerlər hazırlanır.