目前學術界普遍認同的結論是，印第安人（其中包含瑪雅人) 的祖先是由亞洲跨越白令海峽到達美洲的，亞洲的蒙古人種與美洲人祖先有淵源關係。
在第四紀的一些時間裡，尤其是在最後一次冰河期，海面下降了大約130－160米，水深只有幾十米的白令海峽袒露出了一座陸橋，連接起了亞洲東北部和美洲西北部，成為亞、美兩洲的天然通道。當時以獵取猛獁、鹿類為生的亞洲東北部獵人很有可能尾隨這些動物穿過白令海峽大陸橋來到了美洲，成為美洲遠古文明的始祖（包括瑪雅文明）。
印第安人的祖先移入美洲不是一次，而是分批陸續到達美洲的，然後又經過長期的不斷遷移與推進，最終散佈到美洲全境。美洲印第安人並不是一個統一的民族，他們進入美洲的時間不同，背景各異，受地理環境、自然條件等各方面的影響，逐漸形成了許多不同語言、不同習俗、不同文化的部落。
於南美洲和中美洲發現有不少古代骸骨的年代比北美洲所發現過最古老的骸骨更久遠，而且體格與東南亞的爪哇人種更相似，所以有人認為最早的原住民可能是透過海路，自東南亞通過南太平洋不同的海路到達中、南美洲，然後再散布到全境。
现在逐渐风行的说法是综合了以上两种觀點，认为北美洲以及部分中、南美洲的原住民是通过白令海峡陆桥迁居到美洲的北亚居民后裔，而其他的中、南美洲的原住民则有可能是自太平洋诸岛迁居而来的马来人后裔。而一些基因研究否定了上述的猜测，并且发现从西伯利亚到玻利维亚，美洲原住民拥有相同的独特的遗传性变型。并且他们通过海岸线扩展至全境。
印第安人經過兩萬多年的分化，產生了許多不同的民族和語言據資料記載，其中尤以分布广泛的印第安人最为明显，並产生过玛雅文明、阿茲特克文明等著名的美洲文明。