心理学の実験ではランダムな順番で刺激を呈示することが多いと思います。
そのときに重宝するのがrandpermです。
例えば、
condition = [1 1;
1 2;
1 3;
2 1;
2 2;
2 3];
のような行列を作ります。
この行列conditionは２要因（要因Aと要因B）を表しています。
１列目が要因A、２列目が要因Bとすると、要因Aの水準数は２、要因Bの水準数は３になります。
要因の設定はこれでよいのですが、実際の実験では、２×３＝６試行をランダムに呈示する必要があります。
そのときにrandpermを使います。
order = randperm(6)
とすると、orderは
5 4 6 3 2 1
だったり、
6 4 5 1 3 2
だったりします。
（randpermを使うたびに値は変わります）
追記： randperm は Matlabを起動するたびに同じ値を返してしまうため、実験条件を完全にランダムにするには、randpermを使う前に、次のいずれかを呼び出す必要があります。（longviewさん情報をありがとうございました。掲示板を参照）
rand('state',sum(100*clock));rand('twister',sum(100*clock));ここで、１試行ごとにカウントされる変数"cnt"があったとすると、
condition(order(cnt), 1)
で要因Aを表すことができ、
condition(order(cnt), 2)
で要因Bを表すことができます。
例えばorderの中身が
4 3 6 5 2 1
だったとすると、
１試行目は行列conditionの４番目の条件（要因A = 2, 要因B = 1）になり、
２試行目は行列conditionの３番目の条件（要因A = 1, 要因B = 3）になります。