Jusqu’au 13° siècle, le terrain sur lequel fut bâti Labastide était inhabité et dépendait de la vicomté de Juliac.
En 1284, le comte d’Armagnac, Bernard VI, jette avec l’autorisation d’Edouard I, roi d’Angleterre, les fondations d’une nouvelle ville sous le nom de Bolonia, mais appelée Villefranche ou Labastide d’Armagnac. les seigneurs d’alors profitaient pour mieux se défendre de construire des villes et bourgs fortifiés : des bastides.
Si l’enceinte a disparu, la disposition intérieure demeure : quatre rues principales tirées à angles droits aboutissent à une place centrale rectangulaire ; un des côtés du quadrilatère est constitué par l’église et par la halle surmontée de la mairie ; les trois autres par des maisons à étages en saillie que supportent des arceaux ou piliers formant une large galerie.
La place aurait servi de modèle à Henri IV pour la construction à Paris de la place des Vosges.
Labastide fut une localité les plus maltraitées pendant les guerres de religion. Monluc déjà avait détruit le temple protestant en 1563. Les fidèles du culte s’enfuirent à Saint-Justin, s’enfermèrent dans son église qu’ils crurent asile inviolable. Les hommes de Monluc les égorgèrent tous. Mais en 1569, Montgomery renouvela les persécutions meurtrières. Au début du 17° siècle, Labastide continue à être protestante, construit en 1601 sont temple et devient une des places fortes des Réformés. La conversion définitive au catholicisme se fait autour de 1684.
La commune faisait partie d’abord du département du Gers et ne fut rattachée aux Landes qu’en 1850.
L’église romane comporte une tour massive du 15° siècle. On peut y voir une belle Piétà en bois du 15° ou 16° siècle. Classée en 1967, elle aurait appartenu à l’église de Sarbazan. Une légende dit que les gens de Sarbazan la voyaient pleurer lorsqu’ils venaient lui apporter leurs hommages.