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塩基置換モデル

＊A, T, G, Cの4行4列を表示。詳細は「分子進化と分子系統学」根井正利著 (p. 40他）を参考のこと。

Jukes-Cantorモデル (Jukes & Cantor 1969)

LaTeX

\begin{pmatrix}

- & \alpha & \alpha & \alpha \\

\alpha & - & \alpha & \alpha\\

\alpha & \alpha & - & \alpha \\

\alpha & \alpha & \alpha & -

\end{pmatrix}

Kimuraのモデル

Tamuraのモデル (Tamura 1992)

HKYモデル (Hasegawa-Kishino-Yano, 1985)

転位・転換率を考慮

LaTeX

\begin{pmatrix}

- & \beta_g_T & \beta_g_C & \alpha_g_G \\

\beta_g_A & - & \alpha_g_C & \beta_g_G \\

\beta_g_A & \alpha_g_T & - & \neta_g_G \\

\alpha_g_A & \beta_g_T & \beta_g_C & -

\end{pmatrix}

Tamura-Neiのモデル (1993)

LaTeX

\begin{pmatrix}

- & \beta_g_T & \beta_g_C & \alpha_{\scriptscriptstyle 1}_g_G \\

\beta_g_A & - & \alpha_{\scriptscriptstyle 2}_g_C & \beta_g_G \\

\beta_g_A & \alpha_{\scriptscriptstyle 2}_g_T & - & \beta_g_G \\

\alpha_{\scriptscriptstyle 1}_g_A & \beta_g_T & \beta_g_C & -

\end{pmatrix}