MacOS10.4/Tiger

MacOS 10.4.11 (Tiger)にあれこれインストール

Xcode 2.5のインストール

• • 参考：http://d.hatena.ne.jp/hotspot0621/20090728/1248763994

    • ADCにログインし、Downloads→右サイドバーのDeveloper Tools→スクロールしていくとXcode 2.5が。

MacPortsのインストール

• • 参考：http://d.hatena.ne.jp/hakobe932/20061208/1165646618

  • .bashrcの設定

    • PATHの設定

      • export PATH=/opt/local/bin:/opt/local/sbin/:$PATH

      • export MANPATH=/opt/local/man:$MANPATH

    • Proxyの設定

    • export RSYNC_PROXY="xxx.xxx.xxx.jp:8080"

      • * SnowLeopardの場合は、さらに /etc/sudoersに加筆する必要有り

  • 重要 最初にport selfupdateをかける

MacPorts経由でインストールしたコマンド

/opt/local/bin/ か /opt/local/sbin/

• • lftp

    • lftpが文字化けするトラブルがあったが、ターミナル側、.bashrcのLANG設定、lftpのsetなどいろいろいじってたら解決...?

  • wget

  • zip

  • ruby 1.9.2-p180

    • →実行コマンドはruby1.9、ただのrubyでは古い1.8.7が残ってしまっている

    • port install ruby19 --nosuffix にするとできない？

  • ruby gems (rb-rubygems)

  • rb19-nokogiri 1.4.4 （ぁgemでやればよかった？）

  • R 2.12.2 (下記参照)

EMBOSSのインストール

EMBASSYのインストール

（未着手）

NCBI toolsのインストール

R 2.12.2のインストール

• • ソースコードからのコンパイルについての参考リンク

    • 日本語/Vine Linuxの例 http://www.okada.jp.org/RWiki/?R%20%A4%CE%A5%A4%A5%F3%A5%B9%A5%C8%A1%BC%A5%EB#gea6368d

    • http://cran.r-project.org/bin/macosx/RMacOSX-FAQ.html

      • gcc, Fortran, X11 windowなどひっかかりやすいパッケージの説明もある

  • configureしたら、Fortranコンパイラがないと言われるのでgfortranをインストール（下記参照）

  • エラーメッセージ忘れた...↓的な感じ

  • それでconfigureすると、今度はX11がないと言われるのでX11をインストール（下記参照）

    • • configure: error: --with-x=yes (default) and X11 headers/libs are not available

• これで一応、configureはいちおエラーが出なくなるが、どうしてもmakeがうまくいかなかったので・・・MacPortsで導入

• プロキシの導入

  • • Sys.setenv("http_proxy"="http://xxx.xxx.xxx.jp:8080/")

• インストールしたパッケージ

• • Bioconductor

    • • source("http://bioconductor.org/biocLite.R")

      • biocLite()

gfortran のインストール

• • 最新版のgfortran-4.2.3.dmg をダウンロード

  • http://r.research.att.com/tools/

  • Fortranのバージョンは、gccのバージョン(gcc4.x→gfortran4.x)に合わせること

X11のインストール

• • X11がなかったのと、OSのDVD探すのが面倒だったので、以下からダウンロード

    • http://roundhere.net/journal/install-x11-on-mac-os-x-10-4-tiger-without-dvd/

    • 開くとX11User.pkg and X11SDK.pkgの2つあるが、SDKはインストールできないのでUserのほうをインストール

  • update分も必ずインストール

    • http://www.apple.com/support/downloads/x11update2006113.html

Ruby Gemsのインストール

• • MacPortsにあったやつは1.3.7で古かったので、現行バージョン1.7.1にアップデート

  • プロキシを通さないと怒られたので

    • • sudo gem update --system --http-proxy=http://xxx.xxx.xxx.jp:8080/

• • • 1.7.1にアップデート

• • パッケージのインストール

• • • sudo gem install bio --http-proxy=http://xxx.xxx.xxx.jp:8080/

    • bioruby 1.4.1

    • hpricot-0.8.4