より詳細は Researchmap からも閲覧可能です。
* is a corresponding author. † equally contributions.
Matsumae H*†, Savage PE*†, Ranacher P†, Blasi DE*, Currie TE, Sato T, Tajima A, Brown S, Stoneking M,Shimizu KK, Oota H*, Bickel B. "Exploring deep-time relationships between cultural and genetic evolution in Northeast Asia". 2019. BioRxiv 513929.
松前 ひろみ, 神保 宇嗣, 仲里 猛留, 畠山 剛臣, 大林 武, "生物多様性と文化へと繋がるバイオインフォマティクス", JSBi Bioinformatics Review 3(2) 88-114 2022年12月. https://doi.org/10.11234/jsbibr.2022.primer3
Sato T, Adachi N, Kimura R, Hosomichi K, Yoneda M, Oota H, Tajima A, Toyoda A, Kanzawa-Kiriyama H, Matsumae H, Koganebuchi K, Shimizu KK, Shinoda K, Hanihara T, Weber A, Kato H, Ishida H. "Whole-Genome Sequencing of a 900-Year-Old Human Skeleton Supports Two Past Migration Events from the Russian Far East to Northern Japan. ", Genome Biol. and Evol. 13(9) 2021 Sept. 1.
Matsumae H*†, Ranacher P*†, Savage PE*†, Blasi DE*, Currie TE, Sato T, Tajima A, Brown S, Stoneking M,Shimizu KK, Oota H*, Bickel B*. "Exploring correlations in genetic and cultural variation across language families in Northeast Asia", Sci. Adv. 2021, August 18:Vol. 7, no. 34, eabd9223, DOI: 10.1126/sciadv.abd9223
Press-release in English: https://www.media.uzh.ch/en/Press-Releases/2021/Grammar.html
Press-release in Japanese: https://www.tokai.ac.jp/news/detail/post_341.html
News from American Association for the Advancement of Science (AAAS): https://www.aaas.org/news/correlation-discovered-between-genetic-history-grammar-northeast-asia
Media reports :
Gakuhari T, Nakagome S, Rasmussen S, Allentoft ME, Sato T, Korneliussen T, Chuinneagáin BN, Matsumae H, Koganebuchi K, Schmidt R, Mizushima S, Kondo O, Shigehara N, Yoneda M, Kimura R, Ishida H, Masuyama T, Yamada Y, Tajima A, Shibata H, Toyoda A, Tsurumoto T, Wakebe T, Shitara H, Hanihara T, Willerslev E, Sikora M, Oota H. "Ancient Jomon genome sequence analysis sheds light on migration patterns of early East Asian populations.", Commun Biol. 2020 Aug 25;3(1):437. doi: 10.1038/s42003-020-01162-2. PMID: 32843717.
McColl H, Racimo F, Vinner L, Demeter F, Gakuhari T, Moreno-Mayar JV, van Driem G, Gram Wilken U, Seguin-Orlando A, de la Fuente Castro C, Wasef S, Shoocongdej R, Souksavatdy V, Sayavongkhamdy T, Saidin MM, Allentoft ME, Sato T, Malaspinas AS, Aghakhanian FA, Korneliussen T, Prohaska A, Margaryan A, de Barros Damgaard P, Kaewsutthi S, Lertrit P, Nguyen TMH, Hung HC, Minh Tran T, Nghia Truong H, Nguyen GH, Shahidan S, Wiradnyana K, Matsumae H, Shigehara N, Yoneda M, Ishida H, Masuyama T, Yamada Y, Tajima A, Shibata H, Toyoda A, Hanihara T, Nakagome S, Deviese T, Bacon AM, Duringer P, Ponche JL, Shackelford L, Patole-Edoumba E, Nguyen AT, Bellina-Pryce B, Galipaud JC, Kinaston R, Buckley H, Pottier C, Rasmussen S, Higham T, Foley RA, Lahr MM, Orlando L, Sikora M, Phipps ME, Oota H, Higham C, Lambert DM, Willerslev E. "The prehistoric peopling of Southeast Asia", Science, 2018, Jul 6;361(6397):88-92. doi: 10.1126/science.aat3628. PMID: 29976827.
Menardo F., Praz C.R., Wyder S., Ben-David R., Bourras S., Matsumae H., McNally K.E., Parlange F., Riba A., Roffler S., Schaefer L.K., Shimizu K.K., Valenti L., Zbinden H., Wicker T., Keller B." Hybridization of powdery mildew strains gives rise to pathogens on novel agricultural crop species." 2016, Nat Genet. doi:10.1038/ng.3485 PMID:26752267.
Matsumae H *, Ishiwata R, Minamoto T, Ishida N, Ogishima S, and Tanaka H. "Detection of periodic patterns in microarray data reveals novel oscillating transcripts of biological rhythms in Ciona intestinalis" 2015, Artificial Life and Robotics, doi:10. 1007/ s10015-015-0237-6. Link to the paper.
A source code of COSOPT in our paper is available from Github.
Savage P.E. , Matsumae H, Oota H, Stoneking M, Currie T, Tajima A, Gillan M and Brown S. "How ‘Circumpolar’ is Ainu Music? Musical and Genetic Perspectives on the History of the Japanese Archipelago", Ethnomusicology Forum, 2015. DOI: 10.1080/17411912.2015.1084236 link
Takezawa Y, Kato K, Oota H, Caulfiel T, Fujimoto A, Honda S (Henry S), Kamatani N, Kawamura S, Kawashima K, Kimura R, Matsumae H, Saito A, Savage P.E., Seguchi N, Shimizu K, Terao S, Yamaguchi-Kabata Y, Yasukouchi A, Yoneda M and Tokunaga K. “Human genetic research, race, ethnicity and the labeling of populations: Recommendations based on an interdisciplinary workshop in Japan”, BMC Medical Ethics, 15:33, 2014.
Matsuoka Y, Matsumae H, Kato M, Eisfeld AJ, Neumann G, Hase T, Ghosh S, Shoemaker J.E, Lopes T.J.S, Watanabe T, Watanabe S, Fukuyama S, Kitano H and Kawaoka Y. “A comprehensive map of the influenza A virus replication cycle”, BMC Systems Biology, 7:97, 2013. PMID: 24088197.
Matsumae H, Hamada M, Fujie M, Niimura Y, Tanaka H, Kawashima T. “A methodical microarray design enables surveying of expression of a broader range of genes in Ciona intestinalis”, 519(1), 82-90, 2013. PMID:23388151.
Minamoto T, Hanai S, Kadota K, Oishi K, Matsumae H, Fujie M, Azumi K, Satoh N, Satake M, Ishida N. “Circadian clock in Ciona intestinalis revealed by microarray analysis and oxygen consumption.” J Biochem. 147(2), 175-84, 2010. PMID:19855119.
COSOPT is an algorithm to detect periodic gene expression and described in (Panda et al. 2002) and (Straume 2004). Our implementations (both R and C versions are available) on Github.
松前ひろみ「Museomics研究への誘い〜博物館がインフォマティクス研究のメインアリーナとなる日に向けて〜 」日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター, vol 34, 2018年8月号, 低解像度版、高解像度版
松前ひろみ、間野修平、太田博樹. 第7章「個人ゲノムデータの利用と倫理的課題」, 『生命のビッグデータ利用の最前線 Frontier of Utilization of Big Data in Life Sciences』, 2014年, CMC出版. 出版社リンク
松前ひろみ,「特集:進化論の目で生物を見よう! -進化系統樹ってどう決めるの?」 RikaTan, 2008 年12 月号
"乱歩とその分散アルゴリズムへの応用（九州大学山下教授）",『数学者のための分子生物学入門 新しい数学を造ろう』2007, 京都大学.
荻島創一, 松前ひろみ, 田中博. "臨床検査のための情報処理技術の進歩 ５章バイオインフォマティックス ３. 配列情報の解析法", 臨床検査 49巻12号（2005.11）P.1519-1523
2020年度情報処理学会・山下記念研究賞
平成 14 年度プレパテントコンテスト入賞、2003 年(主催・文部科学省、特許庁、日本弁理士会及び(社)発明協会)
"Medical English", 2020- Tokai University of Medicine, Japan.
"Molecular and Cell Biology 1", 2018-, Tokai University School of Medicine, Japan.
"Molecular and Cell Biology 2", 2018-, Tokai University School of Medicine, Japan.
Lecture for undergraduate level "Genetics", May 25, 2018, Yokohama City University, Japan.
Teaching Assistant: May 11-12, 2015, "BIO 610: Next-Generation Sequencing for Model and Non-Model Species", University of Zurich, Switzerland.
Lecturer: Dec 4-5, 2014, Introduction to NGS analysis, Workshop for NGS genome diversity analysis, Kyusyu University, Japan.
Lecturer: Aug. 2014, for high school students in Japan 第35回 数理の翼夏季セミナー講師
Lecturer: April-July, 2014, Introduction to R (Kitasato.R), Kitasato University, Japan. Abut the lecture, please see here (in Japanese).
(抜粋)
Feb. 1, 2020. Oral, 松前ひろみ, 長谷武志, 清水健太郎. 文化×バイオ×コンピュータでの解析-言語類型論に基づく言語データベースとゲノムデータの統合的解析の提案- 情報処理学会 第122回人文科学とコンピュータ研究会発表会, 佐賀大学, 佐賀
Nov. 29, 2019. Oral, ゲノムから明らかになった人類の歴史と、言語の多様性の関係を探る, 早稲田大学商学部金曜セミナー, 早稲田大学, 東京
Oct. 21, 2019. Oral, 松前ひろみ, 「言語多様性と集団史」, 新学術領域 パレオアジア・共創言語進化越境会議、明治大学, 東京
Sept. 10, 2019. Poster. 松前ひろみ, 細矢剛, 神保宇嗣, 川島武士, 小寺正明, 武藤愛, 仲里猛留, 鈴木誉保, 矢後勝也, Japan Museum Bioinformatics (Musomics) Working Group "Let’s start Museomics: Future of Bioinformatics working in Japanese Museum" 2019年日本バイオインフォマティクス学会年会・第8回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2019), 東京工業大学, 東京
Aug. 9 2019. Oral, 松前ひろみ「言語の多様性は人類集団史を反映しているか？」日本進化学会 第21回大会, 北海道大学、札幌市、北海道
July 27 2019. Invited talk, 松前ひろみ「言語の文化進化はどこまで分かったか〜生物進化との対比から〜」早稲田大学産業経営研究所 第27回 産研アカデミックフォーラム「文化を科学する：進化論で社会を理解する」 、早稲田大学、東京
June 25, 2019. Matsumae H "Complex population history links to high linguistic diversity in the Pacific coast of North Asia" Asia Pacific Conference on Human Evolution
Sept. 28, 2018. Invited talk, 松前ひろみ「言語の多様性を遺伝と進化の立場から考える」東京大学理学部 人類学演習/人類学セミナーIII 、東京
Sept 20, 2018. Oral, 松前ひろみ「言語や音楽の進化は集団史を反映しているか？」日本遺伝学会 第89回大会、奈良先端科学技術大学院大学、奈良
June 11, 2018. Oral, Matsumae H, "Complex human histories of Northeast Asia revealed by correlations between genes, language, and music" Annual meeting of Society for Molecular Biology and Evolution, Yokohama, Japan
June 17, 2018, Oral, Understanding a human history using genome, language and musical data, Workshop "the (co-)evolution of genes, languages, and music from data analyses to theoretical models" , Kihara institute for biological research, Yokohama City University, Japan
June 17, 2018, Organizer at Workshop "the (co-)evolution of genes, languages, and music from data analyses to theoretical models" , Kihara institute for biological research Yokohama City University, Japan
Oct. 2017, Oral, the 70th annual meeting of the Anthropological Society of Nippon, Tokyo, Japan
Feb. 2016, Organizer of Workshop for genes and languages in Northeast Asia, University of Zurich, Zurich, Switzerland
Oct. 10-12, 2015, Oral, The 69th annual meeting of the Anthropological Society of Nippon, Tokyo, Japan
July 12-16, 2015, Poster, SMBE, Vienna, Austria
July 03, 2015, Invited talk, NGS Field 4th, Tsukuba, in Japan
March 17, 2015, Oral, 第2回Museomics研究会, 筑波
Jan 20-21 2015, Oral presentation, International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB) 2015, Beppu, Ooita, Japan
Aug. 2014, Speaker, Special Seminar at University of Zurich, Switzerland.
Aug. 2014, Oral, Matsumae H, et al., "Challenges to Ancient DNA Analysis in Japan: bioarcheological remains from high temperature, high humidity and an acidic soil environment", International Symposium on Biological Archeaology 2014, Basel, Switzerland.
March 7, 2014, Speaker, A Seminar for BioMedical Science, Tokai University School of Medicine, Japan.
Feb 3-4 2014, Poster, SOKENDAI Symposium "Modern Human Diversity on Genes and Culture - with special reference to Asia and Oceania -", Kanagawa, Japan
Jan 26-31 2014, BioHackathon13.13, 沖縄
Dec 5 2013, Oral, "Ethical consideration of personal genome sequencing from an anthropological perspective" (- 人類学の立場からパーソナルゲノムプロジェクトを 考える) ,「次世代シーケンサによる研究のこれからとそれを支えるインフラ /技術/制度」, The 36th Annual Meeting of The Molecular Bioliogy Society of Japan, Kobe, Japan.
2012 Poster Presentation, Society for Molecular Biology and Evolution (SMBE), Dublin, Ireland
2011 Poster Presentation, Society for Molecular Biology and Evolution (SMBE), Kyoto, Japan
2009.12, Oral, Matsumae H., "Gene expression analysis of circadian rhythms of Ciona intestinalis", OIST Winter course seminar "Evolution of Complex Systems" (OWECS), Okinawa, Japan
2009.06.21-25, Poster, Matsumae, H., Minamoto, T., Hanai, S., Ishiwata, R., Izumi, K., Ogishima, S., Tanaka, H., Satoh, N., Ishida, N. Microarray analysis of circadian gene expressions in Ciona intestinalis. The 5th International Tunicate Meeting, Naha City, Okinawa, Japan.
2004 Poster Presentation, Young Investigators' Competition, Word Engineer's Convention, Shanghai, China
その他、日本国内での発表
2013 ポスター発表, NGS現場の会 第３回年会, 神戸
2012 ポスター発表, 次世代シーケンサー現場の会, 大阪
ポスター発表, 松前ひろみ・源利文・花井修二・大石勝隆・安住薫・石渡龍輔・荻島創一・田中博・佐藤矩行・石田直理雄 カタユウレイボヤの概日リズム. 第15回日本時間生物学会学術大会, 2008年11月08日-2008年11月09日, 岡山県岡山市.
2008 ポスター発表, 研究会「生物理論の前後左右」
2007 ポスター発表, 分子生物学会, パシフィコ横浜
2007 研究会「数学者のための分子生物学入門 新しい数学を造ろう」けいはんなセミナー
2005 口頭発表, 情報処理学会 情報科学技術フォーラム, 中央大学
学会参加のみ
2015, Workshop, "Theoretical and empirical evidence of adaptations", Switzerland.
2012, 66th Annual Meeting of Anthropological Society of Nippon, Tokyo, Japan
2011, Garuda Seven Workshop, OIST, Okinawa, Japan
2010, Garuda One Workshop, OIST, Okinawa, Japan
(in Japan ）
2013, 日本人類学会, 国立科学博物館
2013, 進化学会, 筑波大学
2008, 「システム生物学セッション」オーガナイザー, 生物物理夏の学校, 八王子セミナーハウス
(取得) 特許第 3498918 号, 『商品管理システム及び方法並びにその商品管理システムに用いられる管理装置及び情報端末装置』, 松前 ひろみ, 2004 年 2 月 (早期審査対象出願)
(公開) 特開2003-323570,『情報提供装置、携帯端末装置、並びに、買物支援システム』,松前ひろみ,伴野明,土屋 俊博, 2002 年 4 月出願
R2年度 JST創発的研究支援事業 2021-2023 (八木パネル)
R0年度 科研費 若手研究 2020-2021
R0年度 科研費 新学術領域「共創言語進化」公募研究, 2020-2021
東海大学医学部研究助成金（萌芽研究）2020
東海大学総研プロジェクト（小型研究）2019-2021
東海大学医学部研究助成金（萌芽研究）2019
ROIS-DS-JOINT Research Grant, 2019
千葉大学真菌医学研究センター共同研究費 2019
H30年度 科研費 新学術領域「共創言語進化」公募研究, 2018-2019
workshop for genes and languages in Northeast Asia, supported by URPPs Evolution in Action and Language and Space, University of Zurich, 2016
URPP Evolution in Action pilot study, University of Zurich, 2015