Fromages fermentés et diversité du microbiote intestinal

Les fromages fermentés renferment une flore microbienne très riche et variée. Par exemple, une étude récente sur les fromages AOP français a identifié 820 espèces bactériennes et 333 espèces de levures/moisissures dans ces produits. Une part importante de ces microbes provient du lait d’origine, mais l’affinage (croûte, sel, environnement) apporte aussi de nouvelles espèces . Lorsque nous consommons du fromage, ces micro-organismes vivants (bactéries, moisissures, levures) sont ingérés avec l’aliment. Des travaux suggèrent que cela contribue à augmenter la richesse et la diversité du microbiote intestinal des consommateurs de produits fermentés . En effet, plusieurs études rapportent qu’une alimentation incluant régulièrement yaourts, fromages et autres fermentés accroît la diversité bactérienne intestinale et réduit les marqueurs d’inflammation chronique . Cet effet bénéfique ne semble pas dû à une implantation durable des microbes alimentaires, ceux-ci restent généralement minoritaires (<6 % du total) dans le microbiote, mais plutôt à l’apport de nouveaux substrats (fibres fermentescibles, vitamines) et à la stimulation métabolique des bactéries résidentes. Par exemple, la fermentation des aliments (via les ferments et leur métabolisme) enrichit ces derniers en composés nutritifs et bioactifs (vitamines, polyphénols, peptides bioactifs…) qui, in fine, renforcent la diversité microbienne et la fonction de barrière intestinale .

Colonisation transitoire par les bactéries alimentaires

Après ingestion, les bactéries issues du fromage et d’autres aliments fermentés peuvent coloniser temporairement le côlon, mais ne s’y implantent généralement pas de façon permanente. Une analyse métagénomique à grande échelle a comparé les génomes bactériens présents dans divers aliments fermentés (fromages, yaourts, choucroute…) et ceux du microbiote humain . Elle montre qu’il existe une très forte similarité entre les souches lactiques ingérées et celles détectées épisodiquement dans les selles, indiquant un apport alimentaire. Cependant, en l’absence d’apport continu, ces bactéries chutent rapidement : seules quelques espèces alimentaires (par ex. Streptococcus thermophilus, Lactococcus lactis) sont régulièrement retrouvées chez l’homme en faible abondance . De même, une étude d’intervention nutritionnelle a constaté qu’un régime riche en aliments fermentés fait croître la diversité microbienne (hausse marquée de nombreux genres bénéfiques), mais cet accroissement n’est pas imputable à la prolifération durable des bactéries alimentaires, qui constituent moins de 6 % du microbiote global . En pratique, les « effets probiotiques » des aliments fermentés semblent reposer sur des mécanismes indirects : production momentanée de métabolites (vitamines, SCFA, peptides antimicrobiens) qui nourrissent et stimulent les microbes indigènes, ainsi que modulation de l’environnement intestinal (pH, mucines) .

Facteurs modulant le microbiote intestinal

Au-delà du seul fromage, de nombreux facteurs internes et externes façonnent la composition du microbiote. Parmi les facteurs alimentaires globaux, l’apport en fibres végétales est majeur : un régime riche en fibres (légumes, céréales complètes, légumineuses) nourrit les bactéries fermentiscibles (Bifidobacterium, Lactobacillus, Lachnospiraceae…) qui produisent des acides gras bénéfiques, favorisant la diversité microbienne . À l’inverse, les régimes occidentaux riches en graisses et protéines animales s’accompagnent d’une perte de diversité et d’un accroissement de bactéries pro-inflammatoires . Le fromage consommé dans un tel contexte alimentaire jouera donc un rôle différent : ses effets bénéfiques seront d’autant plus prononcés que l’alimentation générale est équilibrée.

Le stress psychologique et physique est un autre facteur clé. Des études humaines montrent que l’anxiété chronique et le stress réduisent la diversité bactérienne intestinale et favorisent la croissance de genres opportunistes . Inversement, un état social positif (réseaux sociaux étendus, bonne santé psychique) s’associe à un microbiote plus diversifié . Cette relation bidirectionnelle « intestin-cerveau » implique que notre état émotionnel influence le microbiote (via hormones de stress, cortisol) et réciproquement que le microbiote module l’humeur (par les neuro- médiateurs qu’il produit) .

Les antibiotiques sont connus pour perturber brutalement l’écosystème intestinal. Bien qu’essentiels contre les infections bactériennes, ils détruisent massivement des populations commensales, provoquant une dysbiose souvent sévère. Leur usage, même à court terme, diminue la diversité intestinale en quelques jours et peut nécessiter plusieurs semaines pour que le microbiote retrouve son équilibre . En clair, les antibiotiques peuvent éliminer en partie ou totalement les bactéries bénéfiques issues du fromage (et d’autres aliments), ce qui doit être pris en compte lors de l’interprétation des effets des ferments alimentaires.

Alimentation, microbiote et santé mentale

La recherche la plus récente explore activement l’axe intestin-cerveau, étroitement lié au microbiote. Le microbiote intestinal produit des neurotransmetteurs et des métabolites neuroactifs (GABA, sérotonine, acides aminés) qui agissent sur le cerveau . Des altérations du microbiote ont été associées à la dépression et à l’anxiété . Inversement, renforcer ce microbiote par la nutrition apparaît comme une voie prometteuse pour la santé mentale . Par exemple, une étude clinique a testé un régime « psychobiotique » riche en aliments fermentés et prébiotiques : les participants ont rapporté une réduction significative du stress perçu après un mois comparé au groupe contrôle . Bien que les mécanismes exacts restent à élucider, ces résultats suggèrent qu’une alimentation intégrant des probiotiques naturels (yaourts, fromages fermentés) et des fibres prébiotiques peut moduler positivement l’humeur via le microbiote intestinal.

Exemples supplémentaires de fromages fermentés et de leur contribution au microbiote:

Conclusion

En conclusion, la consommation de fromage fermenté – tout comme celle d’autres produits laitiers fermentés – peut contribuer à moduler le microbiote intestinal et, par extension, la santé de l’hôte. Les bactéries lactiques du fromage apportent des fonctions métaboliques supplémentaires (synthèse de vitamines, production d’AGCC et de bioactifs) et participent à diversifier le milieu intestinal . Toutefois, ces effets s’inscrivent dans un contexte global : régime alimentaire général, état immunitaire, consommation d’antibiotiques et prédispositions génétiques du consommateur influeront grandement sur l’issue finale. Les travaux récents (par ex. Milani et al. 2025 ) soulignent à la fois le potentiel des aliments fermentés pour enrichir le microbiote et élargir ses capacités métaboliques, et les limites des études actuelles (modèles in vitro, données préliminaires à consolider). En pratique, le fromage peut être vu comme un « booster » microbiotique – favorisant un écosystème intestinal diversifié et résilient – à condition que le reste de l’alimentation et du mode de vie soit propice à la santé du microbiote (richesse en fibres, gestion du stress, etc.). Ces connaissances, développées au cours de l’année à partir des sources scientifiques les plus récentes, illustrent l’importance de l’approche holistique : alimentation, microbiote et santé (physique et mentale) sont étroitement liés, et le fromage fermenté n’est qu’un des nombreux éléments de cette équation complexe .

https://observatoireprevention.org/2024/09/04/les-effets-antiinflammatoires-des-aliments-fermentes/

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0923250810000549

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30634578/

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28806201/

https://www.inrae.fr/actualites/fromages-laits-aop-analyse-grande-ampleur-revele-leur-diversite-microbienne

https://www.drmax.ro/articole/ce-este-microbiomul-intestinal