陳彥元教授於1998年畢業於台大醫學系，於2000年進入台大醫院家庭醫學部接受住院醫師訓練。後來，他決定赴美深造，於2003年前往約翰霍普金斯大學攻讀公共衛生碩士，之後又在凱斯西儲大學完成生命倫理學博士學位。回國後，他在台大醫學院從講師一路晉升至教授，並曾擔任台大醫學系副系主任、台大醫院教學部副主任。2019年，他接受台北市政府邀請，擔任台北市衛生局局長，負責公共衛生政策的規劃與執行。於2024年8月卸任後，擔任台大醫院院長室醫務秘書兼發言人至今。