O Xardín Botánico organízase en tres sectores diferenciados (A, B e C) co propósito de favorecer unha identificación e localización máis rápida das especies botánicas.
Sector A: Frontal e lateral esquerda do IES A Pinguela.
Sector B: Lateral dereita do IES A Pinguela (xardín de aromáticas e arbustos froiteiros).
Sector C: Parte posterior do IES A Pinguela (zona do invernadoiro, planetario e estación meteorolóxica).