Pitágoras nació en Samos, una de las islas del Dodecaneso próxima a Mileto, sobre el 569 a.C., donde su padre Mnesarco, un rico comerciante fenicio, parece ser que joyero de profesión, acompañado de su mujer griega Pitia, viajaban frecuentemente por motivos comerciales y llegaron a Tiro sobre el 569 a.C., donde nació Pitágoras. Se sabe que a la edad de 18 años, participó en los juegos olímpicos y ganó todas las competiciones del pugilato.
Pitágoras abandonó secretamente Samos (por cuestiones políticas) rumbo a la isla de Lesbos donde su tío le recibió con gran hospitalidad. En Lesbos, Pitágoras recibió durante dos años una extraordinaria enseñanza del maestro filósofo griego presocrático Ferécides de Siria (tio materno de Pitágoras y considerado uno de los Siete sabios), de Tales de Mileto (que ya contaba con 90 años de edad) y de Anaximandro de Mileto, con quienes estudió fundamentalmente astronomía, física y matemáticas.
A partir de Pitágoras la matemática es universalmente considerada como un manantial primario de verdad objetiva.
Pudo ser también que, al haber agotado las fuentes del saber griego de la época, con el alma inquieta viajera de los griegos y aconsejado por la experiencia personal de Tales, fuera a Egipto y Mesopotamia, donde los sacerdotes y escribas le debieron hacer partícipe no solo de la ciencia exotérica, como a Tales, sino también de la ciencia esotérica que impregnaría toda su elaboración científica y la trasmisión de la misma a sus discípulos. Es posible incluso que en sus peregrinaciones Pitágoras llegara hasta la India, de donde, como en Egipto y Mesopotamia, asimilaría no solo conocimientos matemáticos y astronómicos, sino también mucho bagaje religioso, en particular las doctrinas sobre la reencarnación y la transmigración de las almas.
Existe mucha literatura fantástica sobre los presuntos viajes de Pitágoras pero parece, según Heródoto, Isócrates y Aristóxeno, que los únicos viajes de Pitágoras que se pueden asegurar son hacia el año 535 a.C. a Egipto, donde conviviría con los sacerdotes en los centros iniciáticos de Heliópolis y Memfhis, y tal vez hacia el 525 a.C. a Babilonia, trasladado prisionero cuando el rey persa Cambyses II invadió Egipto.