Penyusunan Kajian Lingkungan Hidup (KLHS) Rencana Zonasi Wilayah Pesisir Dan Pulau-Pulau Kecil (RZWP3K) Provinsi DKI Jakarta telah dilaksanakan untuk menjamin bahwa prinsip pembangunan berkelanjutan telah menjadi dasar dalam penyusunan KRP Rencana Zonasi Wilayah Pesisir Dan Pulau-Pulau Kecil (RZWP3K) Provinsi DKI Jakarta. Penyelenggaraan KLHS juga telah mengacu pada Peraturan Pemerintah Nomor 46 Tahun 2016 tentang Tata Cara Penyelenggaraan Kajian Lingkungan Hidup Strategis dan Permen LHK Nomor P.69/MENLHK/SETJEN/KUM.1/12/2017 tentang Pelaksanaan Peraturan Pemerintah Nomor 46 Tahun 2016 tentang Tata Cara Penyelenggaraan Kajian Lingkungan Hidup Strategis.

Dari pertimbangan tersebut, diperoleh isu-isu strategis prioritas pembangunan berkelanjutan yang memiliki nilai keterkaitan paling banyak. Beberapa isu strategis direformulasikan menjadi satu isu strategis prioritas, sehingga didapat 5 (lima) isu strategis prioritas sebagai berikut:

1. Degradasi keanekaragaman hayati

2. Terbatasnya prasarana permukiman (persampahan dan prasarana air bersih)

3. Tingkat kemiskinan yang relatif tinggi

4. Pencemaran perairan

5. Tingginya intensitas pemanfaatan ruang laut.

Secara umum, muatan RZWP3K mulai dari Tujuan, Strategi dan Arahan Kebijakan telah berupaya sinergi dengan RTRLN, RPJPN, RTRWN 2008-2028, RTR KSN Jabodetabekpunjur, RINDUk Perikanan Nasional dan RTRW DKI Jakarta 2012 -2032. Namun demikian, terdapat beberapa catatan yang menjadi gap antara muatan RZWP3K dan kebijakan relevan yaitu:

1. Alokasi KSNT Pengendalian Lingkungan Hidup berupa Daerah Cadangan Karbon Biru di Kepulauan Seribu (RTRLN) belum ada dalam RZWP3K DKI Jakarta. Namun demikian, melihat lokasi KSNT ini yang berada pada wilayah TNKS, maka fungsi pencadangan karbon biru di wilayah Kepualauan Seribu seyogyanya dapat tersedia.

2. Pada dasarnya, Taman Nasional Kepualauan Seribu telah diakomodir dalam RZWP3K, dimana sudah sesuai dengan alokasi ruang pada RZR KSN yang terdiri dari Zona Inti dan Zona Perlindungan Bahari. Namun demikian, terjadi ketidak sesuaian dengan peruntukan Taman Nasional Kepulauan Seribu berdasarkan SK. Menhut Nomor 8310/Kpts-II/2002.

3. Berdasarkan Rencana Induk Pelabuhan Perikanan Nasional, Pelabuhan Kali Adem dan Pelabuhan Pulau Pramuka belum terakomodir sebagai Pelabuhan perikanan dalam RZWP3K.