2019年度に行われたゼミのアブストラクト集を掲載しています。4月2日の例会分から順番に公開しています。
4/2 TI（理3）
「形態の多様性や普遍性がどのように生じるか？」という疑問に対しての一つのアプローチとして進化発生生物学(Evolutionary Developmental biology: Evo-Devo)的なアプローチがあります。Evo-Devoとは，動植物の体がどのように形成されるかを比較することによって，それらがどのように進化してきたかを理解する学問分野で，Hox遺伝子の門を超えたレベルでの高い相同性など数多くの興味深い結果が得られています。今回はEvo-Devo研究の中でも特に，ゲノムあるいは遺伝子制御ネットワークのレベルから形態の多様性を生み出すメカニズム（あるいは逆に多様性を制限してしまうメカニズム）についてお話します。
Keyword：進化発生生物学，Hox遺伝子群，発生的拘束，hour-glassモデル
4/9 MS（理2）
分子生物学の進展により、細胞を構成する様々な「パーツ」が明らかにされて来ました。パーツが分かれば、私たちはそれを「組み立てる」事が出来ます。そんな「組み立てる」アプローチ(特に合成生物学と呼ばれますが)の中でも、それを用いれば更なる基礎研究に繋がるような研究例を解説します
4/16 KK（理4）
情けは人の為ならず、と言います。情けは他者のための自己犠牲ではなく、結局は自分の利益になることなのだと。 生物の利他行動とは、自分の適応度を減らしてまで他個体の適応度を増やすものであり、ふつう進化しえないと考えられます。しかし生物界に実際に見られる利他行動を理解するため、集団の利益を勘定した群淘汰理論や、血縁度を通じて利益を考える血縁淘汰理論が発展してきました。 群淘汰とはまさにみんなのためという視点から、血縁淘汰とは結局は自分（の遺伝子）のためという視点から理解することだとみなせそうです。
しかし進化理論的にはこの二つの理解の仕方はまったく同一である（同じ式で表せる）ことが分かっています。 このゼミでは群淘汰と血縁淘汰と相同性を直感的に解説し、それを通じて情けは誰がためという二項対立的な考え方そのものを崩してもらうことを目指します。
4/23 （医医）
古くから解剖学や組織学といった形態学的に生物の体を調べあげる分野が発達しました。しかしながら、形態学的に同定された細胞種の中には、遺伝子発現を調べるとさまざまな異種性(herogeneity)があることがわかってきました。そこで、細胞種内の異種性をもたらす環境要因をみつけるために、組織内で直接(in situ)、大量の(genome-wideに)遺伝子発現を調べることが必要となるのですが、古典的なin situ hybridization(ISH)では1～数遺伝子しか一度に遺伝子発現を調べることができませんでした。
今回の新歓講義では、古典的なISHをgenome-wideに拡張するために最近発展してきた実験的、計算機科学的な手法についてお話しします。さらに、このような手法を用いたときに、細胞より大きなくくりである組織について、どのようなことが明らかになってきているのかお話しします。
4/30 HT（文2）
今回のゼミは「三国の名医たちを考察する」と題しまして、東洋医学のあらましを紹介しながら、歴史に名を残した名医たちの功績に迫ります。
『名医たちの三国志』という小説をもとに、登場人物たちの医療行為を、現代の論文などをもとに解説します。このお話自体は史実をもとにしたフィクションです。適宜補足を加えつつ説明しますので、古代中国の医学の歴史についても学んでいただけると思います。
5/7 YT（理4）
ボルバキアやスピロプラズマは昆虫などの細胞質に共生する細菌です。彼らは母系遺伝で卵経由でしか次世代の宿主に感染できません。したがってオスに感染した細菌は子孫を残せないことになります。そこで彼らがとる戦略がオス殺しなとの性の操作なのです。オス殺しはどうして進化しうるのか？オスだけを認識して殺す分子機構は何か？こうした魅力的な問いを議論して遊びます。
5/14 IH（理2）
クニマスという「種」の位置付けやその絶滅・再発見の遍歴を振り返る中で見える、現在の日本の淡水魚を取り巻く諸問題を扱いながら外来種が及ぼしうる生物多様性への影響について考えていきたいと思います。
5/21 RU（農資源3）
ゲノムは「生物の設計図」とも言われ、生物はこの設計図の恒常性を保つための様々な仕組みを有しています。しかし一方で、ゲノムが状況により不可逆的に変化するという現象も存在します。
今回のゼミではこうしたゲノム可塑性について、主に可動遺伝因子であるトランスポゾンの観点から論じてみたいと思います。
また、ゲノム上を動き回るだけの「寄生者」に過ぎないと考えられてきたトランスポゾンですが、実は哺乳類の胚発生において必要不可欠の要素であることが近年の研究によって明らかにされつつあります。これについても最新の知見をご紹介できればと考えています。
5/28 MK（理2）
がんは通常個体から個体へ伝播することはありません。ウイルス性のがんの場合は感染によって発症するものの、これはウイルスの感染により腫瘍が形成されるのであり、腫瘍自身の感染とは異なります。 腫瘍細胞自身の伝播による感染性のがんは極めて珍しく、野生化では3例が発見されるのみです。タスマニアデビルではその内の1例が見られますが、致死率が非常に高く、腫瘍による絶滅が危惧されています。
猛威を振るうがんは、いかにして個体間の伝播を可能にしているのか、タスマニアデビルは絶滅を免れることができるのか。デビルで進行中の急速な適応についても触れる予定です。
6/4 TI（理2）
科学技術の進歩により、地球は探索され尽くし、もはや人類未踏の地は残されていない──というのは、もはや「過去」の話。1960年代から70年代初頭にかけて行われた調査で、南極の氷の下に眠る、数千年隔離された巨大な湖の存在が明らかになりました。
生物は存在するのか？存在するならばどのようなものか？何をエネルギー源にするのか？2010年代に入り、掘削が進み、ようやく人類はその答えに手を伸ばしつつあります。今回のゼミ「氷の下の小宇宙」では、そのような調査を追跡し、代謝やエネルギーの観点も踏まえて考察します。
また、そこから発展して、生産者にあたる様々な生物種を概観し、「生態系はどこまで拡がりうるか？」という議論をしようと思います。
6/11 KK（ウイ再研D1）
ここで言う古代ウイルスというのは、宿主の生殖細胞に感染し、宿主ゲノムの一部となったレトロウイルス配列です。このようなレトロウイルス（専門用語で内在性レトロウイルスと言います）の中には、胎盤形成を担うタンパク質をコードするように進化したものが存在します。syncytin遺伝子です。
今回のゼミではsyncytin遺伝子の転写後遺伝子制御、つまりRNAレベルでの遺伝子発現制御についての研究を紹介します。派生して、HIV-1発見以降白熱したレトロウイルスをモデルとした1980-90年代のRNA研究史なども話す予定です。
6/18 KM（薬2）
がん細胞には正常細胞とは異なる様々な特徴がみられ、その特徴の理解はがんの検査や治療に欠かせません。その中でもエネルギーの利用や代謝の変化、特にグルコース依存性は有名かと思います
グルコース依存性の高い細胞では、同時に複数のアミノ酸の過剰な取り込みもみられます。そのアミノ酸はがん細胞が生き延びるために利用されますが、一方で栄養条件が変化するとがん細胞の死の原因にもなっているのではないか、という研究をご紹介します
6/25 GS（農資源2）
変異と淘汰、頻度依存選択、有限集団の進化など、進化生物学の文脈でよく耳にするようないくつかのトピックについて、その定式化がどうなっているのかということをダイナクスを中心に検討し、特に有限集団やウイルス・毒といった進化生物学的トピックスについて、面白い結果をご紹介したいと思います。
7/2 KH（工2）
BiomimeticsやBioinspired scienceを利用した材料化学は、スケールについてはミクロからマクロまで、学問分野については工学的な分野から医学的な分野までといったように、どの観点から見ても実に多岐にわたるといえます。今回のゼミでは、その中のほんの一部ですが、いくつかの例を挙げ、BiomimeticsやBioinspired scienceがどのようなものであるかを、皆様に少しでも感じていただけるよう説明したいと思います。
7/9 TN（農資源3）
アゲハチョウ科は蝶の中では、個体サイズも大きく美麗種も多く知られる比較的人気のある昆虫です。しかしながらショウジョウバエやカイコのようなモデル生物ではなく、実験手法は確立されていませんでした。今回のゼミでは、アゲハチョウを実験生物として扱う新しい試みとその研究についてご紹介します。
7/30 RT（理2）
磁気を感知する様々な生物について紹介します。以前から特定の生物が地磁気を認識した行動あるいはそうだと思われるような行動を示すことが知られていました。
磁覚はほとんどの生物においてそのメカニズムが未だ解明されていない感覚であり、今後の研究課題が多く残っている分野です。今回は磁覚を持つ生物について紹介しつつ、地磁気を利用する細菌である走磁性細菌についてその地磁気を感知するメカニズムについてお話します。
7/30 AN（理1）
カメにどんな印象を持っていますか？このゼミでは、アマゾンに生息するオオヨコクビガメに着目して、その生態にまつわる驚くべき研究を紹介します。生態学の難しさ、面白さを実感できる研究です。ぜひ聴きにいらしてください。
7/30 MS（農応生1）
実は意外と複雑な、性決定と性転換。今回は哺乳類から魚類までについて、性決定に関する遺伝子機構を紹介します。また、魚類の性転換を起こす要因は数多くありますが、それに関連して、最新の研究論文についても軽く触れます。
8/6 RU（農資源3）
土に根を張らず、独立栄養でもない...皆さんはこうした「植物らしくない」植物の存在をご存知でしょうか。
今回のゼミでは、植物に寄生して生活する植物たちの「ちゃっかり」した生存戦略の一端をご紹介します。また、彼らが農業に与える影響についても考えてみようと思います。
8/6 IH（理2）
皆さんは生き物が好きでしょうか？好きな人はきっとこれまでに幾度も生き物に触れ合ってきたことでしょう。しかしこの現代では多くの生き物が姿を消しつつあるのは周知の事実だと思います。
今回のゼミでは、どのように生物学の知識を生物保全に活かしていくのかをお話しします。
8/6 TI（理3）
概日リズムやLotka-Volterra方程式等に代表されるような振動現象は非常に重要な生物学的意味を持ちます。今回は, 現象から如何に本質的な部分を抽出するかというモデル化と解析について, 初歩的な力学系のお話と具体例を織り交ぜながら話をしようと思います。
8/20 HS（理1）
私たち生物の遺伝情報の保存を担うDNA、その特性を活かしたDNAorigamiというナノテクノロジーについて話します。DNAorigamiは応用性に富んだナノテクノロジーで、DDSや1分子イメージングなど様々な応用がなされてきました。その応用は非常に多岐にわたり、生物分野に関連したものも多々あります。
今夏はDNAorigamiの原理と、その多彩な応用研究、多種多様な構造たちを紹介したいと思います。
8/27 YT（理4） MS（理2）
親の置かれた栄養環境が子どもの代謝に影響することはエピジェネティクスの重要な例だと考えられています。また近年、親が学習した行動までもが子どもに継承されるという驚くべき現象が次々と報告されるようになってきました。そしてついに、記憶を親から子へと伝える分子がRNAであることが解明されました。
本ゼミではまず記憶継承の研究の流れを紹介し、どのような疑問が残っていたかを紹介します。後半で、最大の謎であった記憶を運ぶ分子実態がRNAであることを突き止めた論文を解説します。
9/3 AY（農地環1）
昨今スーパーなどでカット野菜を見かける機会が増えています。そのカット野菜、特に葉物野菜の大半は植物工場で生産されているものです。また、植物工場生産の野菜の特徴はその高い機能性にあると言われています。植物工場では露地栽培とはどう異なった生産方法なのか、またその差異からどのようなメリットが生まれるかについてその一部を説明していきます。
9/3 ST（農資源1）
海には、クジラやイルカをはじめとする、多くの哺乳類が生息しています。今回のゼミでは、人間とは大きく異なる形態を持つこれらの哺乳類がどのように進化してきたのか、どのように分類されるのかということを紹介し、海洋哺乳類に関する研究にも少し触れていこうと思います。
9/10 MS（農応生1）
ひとつひとつの細胞は、機械的ストレスに対し、様々な応答を示すことが示唆されています。
今回は、その応答および機構を調べるメカノバイオロジーという分野について、基礎から実際の研究、その応用までをご紹介します。
9/17 FC（理4）
多くの脊椎動物は通常intron-containingのロドプシンをひとつ持っていますが、真骨魚類は例外的にintron-less, intron-containingの2種類のロドプシン遺伝子を持っているということが知られていました。これらのロドプシンは、ユニークな遺伝子重複機構「retroduplication」を介して多様化したと考えられています。
魚類におけるロドプシン遺伝子の多様化過程を研究したこの論文について、皆さまと議論できればと思います。
9/24 AN（理1）
なぜ有性生殖をする生物がいるのでしょうか？これはきわめて単純な問題ですが、未だ誰も答えを出せていないのが現状です。最初の30分でそもそも何が問題なのかと暫定的な仮説を説明し、残りの60分で数理モデルを使った論文を紹介します。扱うモデルは Adaptive dynamicsとLotka-Volterraです。
10/1 AO（理4）
人間の意識について考える上での助けになる「分離脳」というもののさわりを説明します。
10/8 MT（理2）
「細胞競合が決める生物の体」という題で、細胞競合が哺乳類の発生において果たす役割についてマウスを用いて調べた研究をご紹介します。
10/15 MW（府大農生2）
我が国では様々な形で人間と動物が共存しています。動物を利用する我々が、いかにその福祉を考えるか、またどのような取り組みが行われているか、実験動物から野生動物の広範囲にわたって議論します。
普段とは毛色の違う例会になるかと思いますが、どうぞお越しください。研究者や動物を利用する立場の人間が、どのように動物愛護団体や一般市民と折り合いをつけ、譲歩していくか、考えていただける時間になれば幸いです。
10/22 AN（理学研究科M1）
寄生植物とは、他の植物に接続して水・養分等を奪う植物のことである。農作物に寄生して甚大な被害を生むため、防除のために様々な観点から研究することが必要である(建前)。今回、寄生植物とは何か、特にミクロ的観点ではどのような研究が行われているかを議論する。
10/29 IH（理2）
「進化・生態フィードバック」は、これまで進化学・生態学で別々に知られていた現象がそれぞれ互いに影響を及ぼし合っている、というこの過程を指す言葉です。この現象は多様な生物的環境を形成している原動力の１つとされています。
最初は生態学・進化学の経緯を説明しつつ、最終的に進化・生態フィードバックのわかりやすい事例である「Contemporary evolution」の具体的な話をしていきたいと思っています。
11/5 YH（生命M1）
アスガルド古細菌と呼ばれる古細菌の一群は、真核生物の進化的起源を解明する鍵としてここ数年の間注目されています。ゼミではそれらの古細菌群の発見から実験室での培養成功まで、研究の経緯を紹介します。
11/12 KM（薬2）
近年、がん免疫療法として抗体医薬が注射剤で投与されています。しかし薬が血流に乗って全身に広がることは副作用を招く原因ともなります。そこで、合成生物学的にデザインされた細菌により、局所的に抗体を届けてがんを治療しようという研究を紹介します
11/26 UM（理4）
シーケンス技術の発展により環境中からのゲノムの復元が可能になって、微生物学における培養は影が薄くなりつつあるが、培養ができないと形態的・生理学的情報はわからない。そもそも本当にそんな菌がいるのかも確信は持てない。しかし、難培養性の微生物は依然として多く、新種の登録は遅々としている。研究者が一生を培養に捧げても、数種を登録するのが関の山なのではないか？そのような考えを払拭するかのように、今年、科研費新学術領域（研究領域提案型）プロジェクトが立ち上がった。
その名も「超地球生命体を解き明かす ポストコッホ機能生態学」。
果たして彼らは、取り付く島もない環境微生物たちにどう取り入り、実験室での増殖を可能にするのか？本ゼミでは、微生物培養の歴史を振り返り、なぜ殖えてくれないのかを考察しつつ、培養技術の最先端をご紹介します。「難培養微生物を培養したい」というただ一つの目的のために、工学、化学、生態学、情報学、生理学など様々な分野からアプローチがなされています。微生物培養の奥深さをお伝えできれば幸いです。
12/3 SK（医人健1）
医療の発展がなければ、現在の人間の発展はありえなかったことでしょう。しかし、それと同時にいくつものエセ医療も生まれ、そして消えていきました。その中のいくつかを紹介したいと思います。ほぼ世界史になりそうです。すみません。生物と言っていいか分かりませんが来て頂けたら嬉しいです。
12/3 SH（理1）
ロシアの生物学者ベリャーエフは、従順性こそが家畜化に重要だという仮定の下、キツネを飼育してイヌの進化を早回しに再現する実験を行いました。すると驚くべきことに、イヌと同じ形態的特徴を持つキツネが産まれます。今回のゼミではこの実験を通して、家畜化がどのように行われたのか考察します。
12/10 RU（農資源3）
今回のゼミでは、高校生物の教科書でもおなじみの｢細胞内共生説｣にスポットライトを当てたいと思います。前半では、リン・マーギュリスによって提唱された細胞内共生説と、これが広く受け入れられるようになった経緯についてお話します。後半では、細胞内共生とオルガネラの在り方とその多様性について、具体的な例を用いながら解説します。
12/17 MK（理2）
底冷えが厳しい京都の冬。冬眠してしまいたいと思ったことの一度や二度、あるのではないでしょうか。
今回のゼミでは、そもそも冬眠とはどのような現象なのか、人間に冬眠は可能なのか、冬眠する生き物たちの実例を紹介しながら話していきたいと思います。
12/24 TI（理4）
生物にとって非常に重要な形態形成ですが, 1細胞内でのミクロな現象から組織全体としてのマクロな形態形成の間には, 細胞集団として如何に機能を獲得し, 組織の中で如何に正しく配置されるのかという観点は欠かせません。
集団的な移動や変形といったような統合された集団挙動を制御する因子は色々と考えられますが, （例えば, 個々の細胞は機械的力や化学物質といった細胞外シグナルを受けて応答する一方で, 細胞同士は細胞接着を介して密に連携しており, これらを統合することで非常に高度な集団行動を実現しています）今回はその中でも特に細胞骨格や細胞接着を含むMechanobiology的な考え方とアクティブマター的な考え方で, いろいろな発生過程を含む変な現象についてお話しようと思います。
1/7 AY（農1）
風が植物に与える物理的化学的刺激によって植物がどのような応答を示すか紹介していきます。一例としましては、風が蒸散、光合成に与える影響を葉の形といった面からも紹介していく予定です。
1/14 KK（理1）
今回の僕のゼミでは、様々な作品でも取り上げられる疾病である「サイコパス」を扱います。知名度の割に漠然と「怖い」等のイメージを持っている方が多いのではないでしょうか。そんなサイコパスという疾病に対して知識を深めて帰っていただければ幸いです。
1/14 YT（理4）
日中の活動で神経には活性酸素が蓄積します。sleepニューロンはこの活性酸素の蓄積をいち早く認識して活性化し睡眠を誘導します。
本ゼミでは明らかにされつつある睡眠の分子機構を紹介し、なぜ我々は眠るのか、について議論したいと思います。
2/4 HY（理1）
舞台は大昔の地球。そこでは毎日、個性的な恐竜たちがドッタンバッタン大騒ぎ。太古の地球を支配した恐竜はどのように誕生し、繁栄していったのでしょうか。そんな賑やかな楽しい世界に皆さんを招待します。是非遊びに来てください。
2/11 MS（理2）
核内の染色体は規則正しく、階層的に畳まれている、、というのは高校生物の教科書に書いてありますが、実際は異なることが知られています。
古いクロマチンの階層構造のモデルから想像されるような静的なイメージとは異なり、核内でクロマチンは不規則な組織化をし、かつダイナミックに「蠢く」ことが分かってきました。
今回はクロマチンの構造と性質について知られている最新の知見と共に、その「意味」を考察出来たらと思います。
2/18 KK（ウイ再研D1）
私たちが生物学を学び始めたころはすでに多くの生物のゲノムが読まれていました。もはや「ポストゲノム」という言葉自体が死語な気がしますが、一度その意義を歴史から考えてみると新しい発見があるかもしれません。
ゲノム解読は人々の研究思考をどのように変えたのでしょうか？そして、現在進行形の数々の大規模解析は私達の研究思考をどう支配していくのでしょうか？
2/25 UM（理4）
TBA
3/3 CF（理4）
TBA
3/10 YT（理4）
TBA
3/17 MK（理2）
今回のゼミでは耳の話をする予定です。聴覚と平衡覚を司る器官，耳。その構造はどのように作られる(作られた)のか，個体発生と進化の観点から見ていきます。
3/17 MW（府大農生2）
近代目下の問題である生活習慣病のうちメタボリックシンドローム，つまるところの肥満を制御するために，日夜様々な分野で研究が行われています。今回は食材に含まれる有用成分と，そのために品種改良されたトウガラシについてご紹介します。
3/24 KK（理4）
TBA