Són protozous que usen com a mitjà de locomoció els flagels, o que en algun moment de la seva vida evolutiva tenen flagels. Són un grup força heterogeni ja que filogenèticament tenen orígens molt diferents (veure taxonomia). A efectes pràctics els podem agrupar en dos grans grups, els flagel·lats relacionats amb l'aparell digestiu i reproductor i aquells que es localitzen a la sang i determinats teixits.
Ordre Diplomonadida
Fam. Hexamitidae (Giardia, Spironucleus)
Ordre Trichomonadida
Fam. Monocercomonadidae (Histomonas, Parahistomonas)
Fam. Trichomonadidae (Tritrichomonas, Trichomonas, Tetratrichomonas)
Ordre Trypanosomatida
Fam. Trypanosomatidae (Trypanosoma, Leishmania)