El gènere Entamoeba comprèn un elevat nombre d'espècies que es localitzen generalment en l'intestí de vertebrats i invertebrats. Dins de l'hoste apareixen en forma de trofozoïts, sempre extracel.lulars, que contenen un nucli vesicular i un endosoma, així com diversos orgànuls citoplasmàtics. Atesa la gran flexibilitat del cos, es consideren asimètrics, i no es fa referència a extrems anterior o posterior.
Aquests trofozoïts es divideixen per fisió binària, no tenen cilis ni flagels (tret d'algunes fases del gènere Naegleria), però són capaços d'emetre unes projeccions del citoplasma, els pseudopodis, que utilitzen tant per desplaçar-se com per atrapar les nutrients que seran englobats dins de vacúols (fagocitosi). Depenent de la forma, es distingeixen quatre tipus de pseudopodis: filopodis, lobopodis, rizopodis i axopodis.
Les amebes poden, eventualment, formar una paret quística abans de sortir al medi ambient per la femta. Aquests quists, depenent de les espècies, poden contenir un o més nuclis. La mida dels quists i de llurs nuclis, així com la disposició interna de la cromatina, són criteris per diferenciar les espècies.
L'espècie d'ameba més important pel seu poder patogen és E. histolytica, que parasita el budell gros d'humans i primats. Pot causar diarrea, ulceracions intestinals i disenteria. En ocasions poden arribar al fetge i causar-hi necrosis. Aquesta espècie també s'ha aïllat de manera infreqüent de carnívors domèstics, porcs i rates, en els quals no sembla provocar malaltia. Els trofozoïts mesuren uns 15-60 micròmetres (generalment de 18 a 30) i tenen un nucli de 3-5 micròmetres de diàmetre, amb cromatina perifèrica i un cariosoma central. Els quists tenen entre 8 i 20 micròmetres de diàmetre, i solen contenir quatre nuclis amb les característiques anteriors. En els quists madurs solen trobar-se uns cossos cromatoides allargats on s'acumulen nutrients, entre els quals el glucogen.
Trofozoït d'Entamoeba sp. tenyit en un sediment fecal.
Trofozoït d'Entamoeba histolytica /dispar
Quist d'Entamoeba sp. tenyit amb lugol
Quist d'Entamoeba sp. on s'observa un sol nucli.
Quist d'Entamoeba sp. on s'observen dos nuclis.
Quist d'Entamoeba sp. on s'observen 4 nuclis