Tots els protozous inclosos dintre del Tipus Apicomplexa són paràsits. La seva característica principal és la presència d'una sèrie d'estructures conegudes conjuntament amb el nom de complex apical. Els Apicomplexa inclouen paràsits de gran importància econòmica, com ara els coccidis, causants de les coccidiosis dels animals domèstics, i els piroplasmes, responsables de les babesiosis i de les theileriosis.
Ordre Eimeriida
Fam. Eimeriidae (Eimeria, Isospora)
Fam. Sarcocystidae (Besnoitia, Cystoisospora, Neospora, Sacocystis, Toxoplasma)
Ordre Cryptosporida
Fam. Cryptosporidiidae (Cryptosporidium)
Ordre Adeleida
Fam. Hepatozoidae (Hepatozoon)
Ordre Haemosporida
Fam. Plasmodiidae (Plasmodium)
Fam. Haemproteidae (Haemoproteus)
Fam. Leucocytozoidae (Leucocytozoon)
Ordre Piroplasmida
Fam. Babesiidae (Babesia)
Fam. Theileriidae (Cytauxzoon, Theileria)