Els integrants d'aquest Tipus es consideren els protozous més complexos, tant per la seva estructura com per la seva fisiologia. El Tipus Ciliophora inclou unes 7000 espècies que es caracteritzen per la presència de cilis . Una altra característica del Tipus és la de tenir un o més micronuclis (generalment diploides) i un o més macronuclis (generalment poliploides). Molts ciliats són de vida lliure, altres viuen com a comensals i simbionts en el rumen i el cec dels herbívors, però també n'hi ha de paràsits.
Ordre Vestibuliferida
Fam. Balantidiidae (Balantidium)
Fam. Pycnotrichidae (Buxtonella)
Fam. Isotrichidae (Dasytricha, Isotricha)
Ordre Entodiniomorphida
Fam. Ophryoscolecidae (Diplodinium, Entodinium)