Els protozous són organismes unicel·lulars eucariotes, amb un o més nuclis. Són de grandària variable, de 2 a 100 micròmetres. La seva forma pot ser esfèrica, ovoide, amb simetria bilateral o polimorfs, com per exemple les amebas en estadi de trofozoíto, que no tenen forma consistent a causa del seu citoplasma en moviment constant. Les organel·les de locomoció són: flagels, cilis, pseudópodos i membranes ondulants. Poden presentar estadis de quist i ooquist, que són les seves formes de resistència en el medi. Els protozous hemoparàsits (localitzants en sang i teixits relacionats) involucren vectors biològics (artròpodes hematòfags) en els seus cicles per a poder colonitzar altres hostes. Els principals protistes que parasiten els animals i els humans el trobem inclosos en els següents grups:
Es caracteritzen perquè es mouen per mitjà de prolongacions citoplasmáticas (pseudópodis), que es projecten i retreuen en resposta d'estímuls externs. Les amebes tenen orígens molt diversos. Els fílums que tenen espècies d'interés en medicina i veterinària són: Discosea, Evosea, Heterolobosea i Tubulinea.
Són protozoos que usen com a mitjà de locomoció els flagels, o que en algun moment de la seva vida evolutiva tenen flagels. Com en el cas de les amebes, es un grup molt heterogeni amb orígens molt diversos. El fílum Parabasala inclu les tricomones, histomones i similars. El fílum Euglenozoa els tripanosomes i les leishmanies. El fílum Metamonada els gèneres Giardia i Spironucleus. A efectes pràctics els podem agrupar en dos grans grups, els flagel·lats relacionats amb l'aparell digestiu i reproductor i aquells que es localitzen a la sang i determinats teixits.
Tots els protozous inclosos dintre del subfílum Apicomplexa (fílum Alveolata) són paràsits. La seva característica principal és la presència d'una sèrie d'estructures conegudes conjuntament amb el nom de complex apical. Els Apicomplexa inclouen paràsits de gran importància econòmica, com ara els coccidis, causants de les coccidiosis dels animals domèstics, i els piroplasmes, responsables de les babesiosis i de les theileriosis.
Els integrants d'aquest Tipus es consideren els protozous més complexos, tant per la seva estructura com per la seva fisiologia. El subtipus Ciliophora (fílum Alveolata) inclou unes 7000 espècies que es caracteritzen per la presència de cilis . Una altra característica del Tipus és la de tenir un o més micronuclis (generalment diploides) i un o més macronuclis (generalment poliploides). Molts ciliats són de vida lliure, altres viuen com a comensals i simbionts en el rumen i el cec dels herbívors, però també n'hi ha de paràsits.