まず最初の作業として、画面上部のツールバーにある「ノイズ除去」「傾き補正」「フィルター」の3つを全て実行する。

・ノイズ除去
ノイズ除去ボタンを押すと、右の画面が表示されるので、通常はそのままOKをクリックするだけで良い。

（＊）詳細は、リファレンスマニュアルの6-16ページを参照して下さい。

・傾き補正
傾き補正ボタンを押すと、右の画面が表示されるので、通常はそのまま実行ボタンを押して、閉じれば良い。
ただ、平坦な試料などで傾き補正が出来ない場合は右下の様な表示が出るので、OKを押して閉じれば良い。

（＊）詳細は、リファレンスマニュアルの6-20ページを参照して下さい。

・フィルター
フィルターボタンを押すと、右の画面が表示されるので、通常はそのまま実行ボタンを押して、そのまま閉じれば良い。

（＊）詳細は、リファレンスマニュアルの6-24ページを参照して下さい。

その後は、プロファイルを選択すると、様々な解析を行うことが出来る。

倍率を20倍以上にして、サンプルを観察したい領域に移動し、ピントを合わせる。
ピントは、光の反射が出来るだけ高い場所で合わせる。

メニュー画面から、形状測定→エキスパートを選択し、クリックする。

カメラの高さ範囲の設定を行う。
ここの操作は、簡単モードの高さ範囲の設定を手動で行う場合と同じなので、ここでの説明は割愛する。

ここまで設定して、測定予測時間を確認し、問題なければ「測定開始」をクリックすると、形状測定→簡単モードで行ったと同じ結果が得られるので、同様に解析する。
（解析方法はここでは省略。上記の記述箇所を参照）

レーザー画像が表示されない時は明るさを上げる。

 光学顕微鏡画像でピントが合っていた部分だけが、レーザー画像ではモノクロ表示される。
レーザー画像が表示されない時は、レーザー画像を確認しながら明るさを調節する。
「自動で明るさを調節する」も選択可能。

 レーザー画像の明るさを上げると、赤い部分が表示される。
これは光量が飽和している部分を表している。
赤色が表示される部分が現れる手前ぎりぎりの明るさに調節する。
ただし、明るさを最小値にしても赤い部分が消えない時は、照明フィルターの値を変更し、フィルタ透過率を減衰させてから調節する。

カメラの高さ範囲の設定を行う。
ここの操作は、簡単モードの高さ範囲の設定を手動で行う場合と同じなので、ここでの説明は割愛する。

測定設定の「RPD」チェックボックスが有効になっていることを確認する。

（＊）詳細は、リファレンスマニュアルの6-33、6-69ページを参照して下さい。

ここまで設定して、測定予測時間を確認し、問題なければ「測定開始」をクリックする。

ツールバーのファイルから「測定結果を保存」を選択して、任意名のフォルダを作成し、そこに各自データを保存する。

すると、自動で解析ソフトが立ち上がる。
この後は、簡単モードの解析と同じ様に、いろいろと解析出来る。
ここでの説明は割愛する。