Los orígenes de Guadamur se remontan a la época árabe, como demuestra su nombre, que significa "río de paso" (del árabe wadi, río y del latín urum, muro o presa).
Guadamur tuvo un pasado de influencia romana y visigoda. Los visigodos fueron un pueblo germánico que dominó la península desde el siglo V hasta la llegada de los árabes en el siglo VIII.
Uno de los acontecimientos históricos más importantes de la localidad fue el descubrimiento del yacimiento de Guarrazar, un tesoro visigodo. Se cree que Guarrazar sirvió de escondite a una parte del tesoro de los reyes para evitar su captura por los musulmanes, que pusieron fin al reinado de los visigodos en el año 711. En 1858, unos habitantes de Guadamur, por casualidad, descubrieron el yacimiento con los restos de un complejo monástico-palacial de los reyes visigodos. Allí se encontraban las coronas visigodas de Guarrazar, unos de los tesoros medievales más importantes de Europa. Hoy están repartidas entre el Museo de Cluny de París, el Museo Arqueológico Nacional de Madrid y la Armería Real, también en Madrid.
Otro rincón de Guadamur es el castillo, contruido en 1468 por el primer conde de Fuensalida, Pedro López de Ayala, que lo erigió sobre una fortaleza musulmana. En 1590, bajo el reinado de Felipe II el castillo fue empleado como cárcel secreta de la Inquisición. Sufrió importantes deterioros durante la Guerra de la Independencia, las guerras carlistas y la guerra civil, pero finalmente fue reconstruido con su forma original.
En Guadamur está situado el primer edificio religioso construido durante la reconquista, la ermita mudéjar de la Natividad, del siglo XIII.