Dentro del protocolo de modelación matemática, es necesario encontrar el grupo óptimo de parámetros de un modelo que mejor representan el comportamiento de una cuenca, para lo cual es necesario seguir pasos de calibración y validación del modelo. Las siguientes herramientas permiten realizar este procedimiento junto con el análisis posterior de los resultados de estas etapas de modelación.
PEST (Parameter Estimation) es un estimador de parámetros para modelos independientes no lineales. Este programa ha sido ampliamente utilizado para la calibración de varios tipos de modelos en diferentes áreas de la ingeniería. PEST se comunica con el modelo directamente con el archivo de entrada del mismo, de esta manera PEST puede usar el archivo del programa automáticamente.