La chiesa di S. Vittore è la parrocchiale dell'Isola Superiore dei Pescatori; l'edificio si erge su uno scoglio di roccia sul punto più alto della propaggi ne meridionale dell'isola e rappresenta, con il primitivo oratorio romanico in esso contenuto, uno dei più importanti ed antichi monumenti della zona.
Il luogo era conosciuto già in tempi preistorici e deputato allo svolgimen to di riti pagani come testimoniano alcune "cupelle", rilevate nei pressi della chiesa, riconducibili al neolitico.
Pronao e campanile
Su un grosso banco orizzontale di micascisto, piuttosto irregolare, posizionato nel pieno sud dell'isola esattamente a ridosso della riva, si riscontrano 14 incisioni cuppelli formi, di profondità variabile, da 7 mm a 1 mm, disposte in modo diso mogeneo, con un canaletto natura le che mette in comunicazione due di esse, con orientamento nord/sud.
Una datazione puntuale dei petroglifi è impossibile poiché manca un qualsiasi riscontro materiale ad essi annesso; è però possibile ri condurli almeno al neolitico, epoca in cui il Verbano risulta abbondan temente abitato, all'età del Ferro. Una interpretazione delle incisioni schematiche risulta pressoché im praticabile, ma vista l'ubicazione particolarmente suggestiva e il chiaro ed immediato nesso con l'elemento acquatico, non è da escludere una relazione con attività di culto.
In origine la chiesa era dedicata a S. Gandolfo; le prime testimonianze storiche e l'impianto architettonico la fanno risalire attorno all'anno 1000. Da fonti storiche dell'epoca, l'antica chiesa di S. Vittore assieme ad un'altra dedicata a S. Giovanni Battista e all'annesso cimitero, si trovava sull'Isola Madre ed era l'unica che amministrava i sacramenti anche agli abitanti delle altre due isole: Superiore ed Inferiore (le attuali Isola dei Pescatori ed Isola Bella).
Come voleva l'usanza del primo cristianesimo, le chiese dovevano essere edificate lontano dai centri abitati e l'Isola Madre era l'unica delle isole borromee ad essere disabitata.
Ma nei secoli successivi gli abitanti delle altre due isole, trovando disagio nello spostamento, cominciarono ad ampliare gli oratori presenti sulle isole o a costruirne di nuovi. Così avvenne per San Gandolfo, la chiesa primitiva dell'Isola Superiore.
il campanile
Venendo sempre meno frequenta ta la chiesa di S. Vittore sull'Isola Madre, il rettore delle due isole, Superiore ed Inferiore, cedette in enfiteusi nel 1501, con assenso del la Curia Arcivescovile e dispensa del Duca di Milano Lodovico XII, l'Isola Madre al Conte Lancellotto Borromeo.
Le chiese di S. Vittore e di S. Giovanni Battista con il cimitero divennero, in seguito, proprietà del Con te Lancellotto e, poiché sull'isola esisteva già una chiesa con annesso cimitero, queste furono sconsacrate dopo breve tempo e fatte demolire.
In seguito il Conte ordinò l'edificazione di un nuovo palazzo e la disposizione di nuovi giardini. Successi vamente gli abitanti delle Isole Superiore ed Inferiore ebbero dalla Santa Sede la facoltà di poter utilizzare le due chiese, con cimitero annesso, già presenti sulle loro isole; fu nominato un unico parroco con sede sull'Isola Inferiore.
In seguito,a causa delle continue liti fra gli abitanti delle due isole, le parrocchie furono divise e fu dato agli abitanti la possibilità di nominarsi il proprio parroco, dietro approvazione della Curia Vescovile. Entrambe furono intitolate a S. Vittore, dall'originaria chiesa dell'isola Madre.
Pronao
Per quanto riguarda la chiesa di S. Vittore sull'Isola Superiore, alcune fonti storiche, ci dicono che i monaci di San Donato di Scazzola, presso Sesto Calende, erano possessori dei poderi costituenti la corte di Baveno. Intorno al 1194,i monaci vennero in conflitto, per il possesso di questi beni, con l'Arcivescovo di Milano, Milone di Cardano.. Dopo molteplici discussioni il Papa Innocenzo III, il 16 aprile 1198, confermò la proprietà dei beni ai monaci, tra cui l'Isola Superiore.
Non ci sono però notizie, in quanto i documenti sono andati distrutti, su come l'Isola Superiore si sia liberata dalla sudditanza dei monaci di S. Donato di Spazzola.
Le visite pastorali del 1582 (Vescovo Bossi), del 1590 (Vescovo Speciano) testimoniano la presenza della chiesa parrocchiale dedicata a S. Gandolfo; nella visita pastorale del 1595 (Vescovo Bascapè) si parla di una chiesa detta "Sancti Victoris seu Sancti Gandulfi".
A partire dal 1627 è citata esclusivamente una chiesa intitolata a S. Vittore.