I lavori di restauro della chiesa di S. Vittore sono iniziati nel 2004. Il progetto di restauro, affidato all'Arch. Raffaelo Visentini di Lesa, ha tenuto conto di alcuni criteri fondamentali: rispetto dell'esistente, minimo intervento possibile, reversibilità dei materiali utilizzati.
Il primo lotto di lavori ha interessato l'esterno della chiesa con opere di rimozione degli intonaci cementizi e non coerenti, di consolidamento e restauro degli intonaci antichi originali, di stuccatura delle lacune, di puli tura delle superfici, della rimozione di microrganismi, di consolidamento delle superfici, di stesure di velature a calce e di stesura di protettivo idrorepellente.
Nel corso di queste operazioni sono stati rinvenuti, sul campanile, lacerti di affreschi, di cui non si aveva notizia, con lo stemma di San Bernardino (ditta LeonardoItalia di Ghiffa).
Affreschi rinvenuti sul campanile durante i restauri
In questa fase è stata restaurata la lunetta posta sopra il portone d'ingresso che raffigura Maria Assunta fra San Vittore e San Pietro.*
Lunetta del pronao (dopo i restauri)
Successivamente sono iniziati i lavori di restauro degli affreschi interni, venuti alla luce durante le fasi di rilievo stratigrafico, presso al Cappella di Santa Maria ed il Battistero.
L'abbattimento della parete di tamponamento, che separava la Cappella di Santa Maria dall'interno della chiesa, e la rimozione dei vari strati di pitture sovrapposte dalle superfici, hanno riportato alla luce un importante ciclo di affreschi, di scuola lombarda, raffigurante "Le storie di Maria" ed alcune scene riprese dal Vecchio e dal Nuovo Testamento. E' stata recuperata la decorazione dell'arco esterno e del sottarco e sono state restaurate le figure affrescate con Santa Agata, San Vittore e Sant'Antonio.
Per il restauro del Battistero si è operato asportando la ridipintura nove centesca e recuperando la decorazione immediatamente sottostante: un raffinato finto tendaggio su fondo blu sovrastato dalla colomba, simbolo dello Spirito Santo.
Questi lavori si sono potuti realizzare grazie ad importanti contributi ero gati dalla "Compagnia San Paolo di Torino", attraverso il bando "Cantieri d'Arte". I restauri delle decorazioni e degli stucchi della Cappella di San Carlo, sono stati finanziati in parte dalla "Fondazione CRT" attraverso il Bando 2011 "Restauri - Cantieri diffusi" ed in parte dalla "Fondazione Comunitaria del VCO ONLUS" attraverso il Bando 2011 "Tutela e Valorizzazione Patrimonio Storico ed Artistico".