El formato básico de datos de la ocupación es una matriz de la dimensión de s filas y k columnas, dónde s es el número de sitios en el estudio y k es el número de replicados por sitio. Las entradas en la matriz son 0 o 1, indicando si o no hay detecciones de 1 animal o más en el replicado. Por ejemplo, un (pequeño) estudio con 10 sitios y 4 replicados puede contener los datos
Obviamente los sitios 1, 3,4, 6, 7, 8, y 10 están ocupados, pero no sabemos si o no los sitios 2, 5, y 9 están ocupados. Un otro tipo de datos, que se pueden usar en unos modelos de ocupación, es entradas de conteos en lugar de solo 1 o 0. Por exemplo en la tabla anterior, el sitio 8 puede contener
(¡obviamente 0 siempre es 0!)
Su puede entrar los datos a una tabla (más generalmente en la forma de un hoja de cálculo o en un archivo de csv), pero en estudios grande es más facil entrar los datos en un formato regular y convertirlos a una tabla usando un programa. He escrito un programa en R para leer datos en el formato de cada observación es una fila con la fecha e el sitio. El programa convierte los datos al formato de una tabla e ponerlos en una trama de datos especial en unmarked para usar en la función occu para estimar parámetros de los modelos de ocupación.
Los datos están aquí. Notar que los datos contiene solo los sitios dónde hay detecciones. En este caso sabemos que hay 100 sitios total, e el programa calcula los sitios dónde no hay detecciones y los añade a los otros datos con NA indicado no hay ninguna deteción. Después el programa incluye todos los sitios en una matriz de datos con 1 para detecciones y 0 para falta de detección, y pone los datos en la trama de datos de unmarked. Note que los sitios y replicados observados con ninguna detección son 0; en contrast, si no se observa un sítio en un replicado la entrada apropiado in la matriz sería NA, signífica que ´no hay disponible´(proporcionado en este archivo). Finalmente, el programa corre un modelo simple de ocupación y produce estimados de ocupación psi y detección p. El program está aquí.
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