Komplex IV (cytochróm c oxidáza) je posledným komplexom terminálnej oxidácie.
Cytochróm c prináša elektróny z komplexu III a odovzdáva ich komplexu IV, ktorý sa skladá z viacerých proteínov, z ktorých prvý a posledný obsahuje atóm medi. Ten elektróny po jednom odovzdáva na molekulový kyslík (posledný akceptor elektrónov), ktorý je viazaný špeciálnym proteínom, kým nepríjme 4 elektróny, čím vznikne O24-. Následne je uvoľnený a naviazaním 4 protónov vznikajú 2 molekuly vody. Tým sa terminálna oxidácia končí.
Počas tohto procesu dochádza k presunutiu cca. 2 protónov cez vnútornú mitochondriálnu membránu do medzimembránového priestoru, vďaka čomu aj komplex IV prispieva k vytváraniu protónového gradientu na vnútornej mitochondriálnej membráne. Protónový gradient sa využíva na tvorbu energie v podobe ATP vďaka komplexu V - ATP syntázy.