Управління Берестівським ліцеєм здійснює:
засновник - Липоводолинська селищна рада Сумської області;
уповноважений засновником орган - Відділ освіти, молоді та спорту Липоводолинської селищної ради Сумської області;
керівник закладу освіти - Гречаник Віктор Олексійович;
педагогічна рада закладу освіти;
збори трудового колективу;
органи учнівського самоврядування;
піклувальна рада.
Заклад освіти має у своєму складі структурні підрозділи, які забезпечують здобуття загальної середньої освіти:
- початкова школа, що забезпечує початкову освіту тривалістю чотири роки (1-4-і класи загальної середньої освіти);
- гімназія, що забезпечує базову середню освіту тривалістю п’ять років (5-9-і класи);
- ліцей, що забезпечує профільну середню освіту тривалістюдва роки (10-11-і класи).