Nato da un comunità di pie donne già esistenti alla fine del XIV secolo, il Monastero di San Quirico entrò a far parte della riforma della Beata Angelina Montegiove. La comunità di San Quirico, trasferitasi nell’attuale monastero nel 1451, professò la regola del terz’ordine francescano fino al 16 giugno 1931, data del passaggio alla prima regola di Santa Chiara. Nella storia recente del monastero si ricordano in modo particolare gli eventi del 1943-44, quando, spinte da monsignor Placido Nicolini, vescovo di Assisi, e da padre Ruffino Niccacci, guardiano del convento di San Damiano, le sorelle offrirono asilo a numerosi ebrei e rifugiati politici, salvandoli dalla persecuzione nazista. All’epoca, la comunità di San Quirico, formata da circa 25 sorelle, era guidata da madre Giuseppina Biviglia (1897-1991). A conclusione del secondo triennio di abbadessato, madre Giuseppina lasciò nel libro delle memorie del monastero i suoi ricordi del periodo bellico:”…Mentre fin dal settembre 1943 s’intensificava l’offesa aerea anglo-americana sull’Italia, con somma sorpresa di tutti, mentre in patria rincrudivano persecuzioni politiche, vendette personali e ordini odiosi venivano spiccati contro Ebrei e soldati ligi allo spirito dell’armistizio, i nostri istituti divenivano luogo di rifugio agli sbandati, ai perseguitati politici, ai fuggitivi, agli ebrei, agli evasi dai campi dì concentramento… Ne ebbe la sua parte il nostro Monastero…Le persone che si rifugiavano da noi furono, per grazia di Dio, nei nostri riguardi, tutte oneste, rette, buone, e anche religiosi, tanto i cattolici quanto gli ebrei. Venne qualche fascista durante il governo Badoglio e dopo l’entrata degli Americani; qualche socialista in certi momenti di pericolo durante la Repubblica sociale. Subito dopo l’8 settembre avemmo ufficiali e soldati del Regio Esercito ligi al giuramento costituzionale, e poco più tardi un folto numero di ebrei (era proprio un’arca di Noè)”.