Gli animali del nostro museo, specificamente i vertebrati, sono conservati tramite un processo detto tassidermia (da taxis, "preparazione" e derma, "pelle"), conosciuto più comunemente come "impagliatura". L'impagliatura consiste nella conservazione delle pelli degli animali per la loro visualizzazione. Questo metodo viene usato sia per i musei che per i così detti "trofei da caccia".  Gli animali morti vengono prima scorticati e poi riempiti di paglia, mantenendo la loro forma naturale il più fedelmente possibile. 

Un altro metodo di tassidermia che può essere considerato più contemporaneo consiste nella creazione manuale di un modello tridimensionale dell'animale stesso che in seguito va ricoperto dalla sua pelle. Il modello va fatto secondo le misure dell'animale scuoiato onde evitare l'occasionale inadattabilità della pelle. 

Per quanto riguarda gli invertebrati, invece, essi vengono conservati in un ambiente liquido, cosa che permette la preservazione di tutti i componenti del reperto - tra cui interiora, carne e parti molli - che andrebbero persi con altri metodi tra cui la tassidermia. Nel passato si utilizzavano sostanze come la glicerina, sostanze sature di sale, alcool isopropilico etc. Dopo la scoperta di un chimico tedesco chiamato August Wilhelm von Hoffman nel 1867 dell'aldeide formica, però, si comincio' ad utilizzare una sostanza detta formalina, che si rivelò in seguito pericolosa, in quanto danneggiava la molecole di DNA del reperto, e cancerogena.

La formalina non viene più usata nei musei anche se alcuni, come il Museo Civico di Storia Naturale di Trieste, hanno ancora pochi reperti conservati in questa sostanza. Al giorno d'oggi, viene utilizzata una sostanza formata al 70% da alcool etilico che mantiene la sostanziale inalterabilità del reperto nel tempo.