Í Vatnsendaskóla er lögð áhersla á að skapa jákvæðan skólabrag og að góður vinnuandi sé ríkjandi. Mikilvægt er að allir sem í skólanum starfa stuðli að og viðhaldi góðum starfsanda þar sem öryggi, vellíðan og heilbrigði eru í fyrirrúmi. Gagnkvæmt traust, virðing, samábyrgð, tillitssemi og kurteisleg framkoma eru höfð að leiðarljósi í skólastarfinu. Námsagi einkennist af því að tillit sé tekið til þarfa nemenda, þroska þeirra og hæfni með áherslu á mannréttindi, jafnrétti, lýðræðisleg vinnubrögð og bann við mismunun af öllu tagi.