Vatnsendaskóli tók til starfa haustið 2005. Þá var ein kennsluálma tilbúin til notkunar og 122 nemendur í skólanum í 1. til 6. bekk. Önnur kennsluálma og verkgreinahús bættist við haustið 2006 og unglingaálman var tekin í notkun á þriggja ára afmæli skólans haustið 2008. Á sama tíma var skrifstofuhúsnæði, bókasafn og mötuneyti opnað. Síðasta byggingaáfanganum lauk með vígslu samkomusalar 26. janúar 2012. Haustið 2013 var svo tveimur lausum kennslustofum, Holti og Mýri, bætt á skólalóðina. Vorið 2016 hófust framkvæmdir við íþróttahús en í þeirri byggingu eru einnig fjórar kennslustofur sem voru teknar í notkun haustið 2017. Íþróttahúsið var tekið í notkun haustið 2018 en það var vígt 11. maí 2018.
Vatnsendaskóli stendur við Elliðavatn í fallegu umhverfi. Í skólanámskrá er sérstök áhersla á útikennslu, náttúrufræði og umhverfismennt. Góðar forsendur eru fyrir hendi að tengja skólastarfið við umhverfið með virkum hætti. Göngustígur liggur frá skólanum niður að vatninu og tengist stígakerfi sem opnar leið að fjölbreyttum náttúru- og útivistarsvæðum. Tvær sérhannaðar náttúrufræði- og raungreinastofur eru í skólanum.
Í Vatnsendaskóla eru 580 nemendur og 80 starfsmenn þetta skólaárið. Fjölbreyttir kennsluhættir og einstaklingsmiðað nám eru leiðarljós skólans. Gildi skólanámskrár eru byggð á virðingu, vináttu, samvinnu og skapandi skólastarfi.